Bioinformations n° 31 - septembre 2022

Les groupes de travail du GDR BIM

Le GDR BIM anime plusieurs groupes de travail nationaux libres et ouverts à la communauté: Alphy, BIOSS, GTGC, MASIM, Statomique, SeqBIM.  Vous trouverez tous les contacts ici .  Aujourd’hui, nous vous proposons un focus sur StatOmique et SeqBIM, qui organisent tous les deux des journées scientifiques dans les semaines à venir. N'hésitez pas à y participer ! 

StatOmique  est fondé sur le partage d’expérience autour de l’analyse statistique de données omiques. En effet,  les nouvelles technologies à haut débit, au premier rang desquelles les nouvelles nouvelles technologies de séquençage,  posent de nombreux défis  en raison de leur volume important, en constante augmentation, et de leur nature variée et parfois hétérogène. On est au cœur de la science des données.

 Le groupe a été initié en 2008 et atteint aujourd’hui plus de 100 participants.  Il rassemble une communauté recouvrant des profils allant de la conception de méthodes au développement d'outils jusqu'à l’analyse et l'interprétation des données.  Il se réunit lors de journées ou demi-journées à thème (deux à quatre par an) qui abordent à la fois les données et les méthodes développées spécifiquement pour leur traitement, afin de mieux comprendre les intérêts et limites de ces dernières. Nous nous intéressons aussi aux approches statistiques multivariées de l’intégration de différents types de données. Pour citer quelques exemples, nous avons abordé ces dernières années les méthodes à noyaux, la sélection de variables, les méthodes de déconvolution, la modélisation de la variance… La diversité des méthodes se reflète aussi dans la diversité des données et des domaines d’application abordés: métagénomique et métatranscriptomique, études transcriptomiques (Bulk RNA-seq et cellules uniques), épigénomique, méthylation, que ce soit chez l'homme, la plante, l'animal ou l'environnement.

Prochaine rencontre: mardi 25 octobre à l’AgroParisTech (Saclay) sur le thème  des méthodes récentes d’analyse différentielle d’expression de gènes en lien avec des spécificités portant sur la nature des données comme les grands échantillons ou les études inter-espèces.

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 SeqBIM traite de l’algorithmique des séquences, de toutes les séquences, des plus courtes aux plus longues, qu’elles soient d’ADN, d’ARN, ou de protéines.  Historiquement, la bioinformatique est très liée à l'algorithmique des séquences. On peut par exemple penser à l'algorithme d’alignement Needleman et Wunsch publié il y a plus de 50 ans ! Depuis, ce lien n'a pas faibli et les questions sont sans cesse renouvelées :  assemblage de génomes, de transcriptomes, de métagénomes, alignement, analyse de pangénomes, traitement des longues lectures… Il y a derrière des problématiques difficiles d’algorithmique discrète et d’indexation de données sur les mots, les arbres, les graphes.  La communauté est très active pour proposer des solutions capables d'absorber les débits toujours plus importants des séquenceurs à haut-débit.

Le groupe rassemble actuellement environ 150 scientifiques travaillant sur les méthodes pour traiter et analyser des séquences biologiques. Il se structure principalement autour de ses journées annuelles, qui réunissent 50 à 70 personnes pendant deux jours et qui sont l'occasion de présenter les derniers travaux sur les thématiques du groupe. En particulier, c'est une excellente opportunité pour les jeunes chercheurs et chercheuses d'intégrer la communauté et d’y présenter leurs premiers résultats.

Prochaine rencontre: les 17 et 18 novembre 2022 à Bordeaux (soumission des résumés jusqu'au 6 octobre).

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Discord Bioinfo-fr.net : c’est parti !

C’est officiel : après une période de test qui aura duré tout l’été, les Geekus biologicus de bioinfo-fr.net ont lancé leur propre serveur Discord ! Vous pourrez vous y connecter en cliquant sur ce lien : https://bioinfo-fr.net/discord

L’idée est de pouvoir échanger en direct entre professionnels et/ou étudiants en bioinformatique sur des thématiques et problématiques d'intérêts.
Plusieurs salons de discussions existent selon les spécialités existantes et la bienveillance est de mise.

Une rapide introduction à l’univers de Discord est disponible ici : https://bioinfo-fr.net/bioinfo-fr-net-debarque-sur-discord 

Déjà plus de 500 inscrits au moment où ces lignes sont écrites, direction les 1000 bioinformaticien.ne.s francophones connecté.e.s d’ici la fin de l’année ?! Il ne manque plus que vous :-)

Workshop JeBiF@JOBIM

Les 4 et 5 juillet à Rennes se tenait le workshop JeBiF@JOBIM, le traditionnel atelier pré-JOBIM organisé par l'association, cette année en présentiel et retransmis en ligne.

Lors de cette édition, nous avons eu le plaisir d'accueillir Yann Le Cunff pour une keynote durant laquelle il nous a présenté une partie de ses travaux de recherche en machine learning. Sa présentation portait plus particulièrement sur l'utilisation des réseaux de neurones de type transformers.

Nous avons également animé deux tables rondes entre Enora Geslain (KU Leuven), Olivier Dameron (Dyliss - IRISA) et Annabelle Monnier (IGDR). Au cours de ces séances d’échanges, l'audience a pu leur poser ses questions à propos de la recherche d'emploi en bioinformatique et de l'avenir de la discipline.

Le bureau de JeBiF remercie chaleureusement les intervenant.e.s et les participant.e.s, présent.e.s physiquement ou sur le stream, d'être venus à cette édition hybride du workshop. Nous remercions égalementle GDR BIM, la SFBI et l'Inria de Rennes pour leur soutien.

Deux nouveaux services sont disponibles sur usegalaxy.fr

• TIaaS : Training Infrastructure as a Service

Ce service permet aux formateurs de réserver en amont des ressources sur l’IFB Core Cluster pour leur formation sur l’instance usegalaxy.fr et de suivre la progression des étudiants. Ce service est complémentaire avec les nombreux supports de formation en ligne proposés par le Galaxy Training Network: slides, tutos, workflows et vidéos.

Intéressé(e)? Enregistrez votre formation sur  https://usegalaxy.fr/tiaas/ et notre équipe évaluera et réservera les ressources nécessaires sur le cluster de l’IFB. Les liens d’inscription, à fournir aux étudiants, ainsi que de monitoring, pour suivre leur progression dans la formation vous seront ensuite envoyés.

• AlphaFold2 est un programme qui utilise des réseaux neuronaux pour prédire la structure tertiaire (3D) des protéines. AlphaFold2 accepte une séquence d'acides aminés (au format Fasta), puis "plie" cette séquence en un modèle 3D.

Une rentrée riche en astuces !

Les vacances sont finies, les cartables sont prêts et les crayons à papier bien taillés !

Et pour bien se remettre dans le bain, quoi de mieux que de pouvoir rédiger sa dernière publication en LaTeX et en mode collaboratif ?

C’est Overleaf, le successeur de ShareLaTex, qui va vous permettre de faire cela et tout vous est expliqué ici : https://bioinfo-fr.net/installer-overleaf.

Saviez-vous que vous pouvez manipuler des intervalles génomiques ? On vous apprend à faire cela à l’aide du langage R : https://bioinfo-fr.net/manipulation-dintervalles-genomiques-dans-r.

Et si on s’intéressait maintenant à la fréquence des dinucléotides dans un génome ? Approchez, prenez place et laissez vous guider du début à la fin pour devenir un expert : https://bioinfo-fr.net/manipulation-dintervalles-genomiques-dans-r.

JOBIM 2022, le retour en présentiel à Rennes

Vous étiez plus de 550 à vous retrouver du 5 au 8 juillet à Rennes lors des JOBIM2022 de nouveau en présentiel. Comme chaque année, notre conférence a récompensé 3 participants pour la présentation de leurs travaux en bioinformatique :

• Brice Letcher (EMBL-EBI) pour sa présentation orale intitulée « Genotyping multiscale variation with genome graphs » publiée dans Genome Biology ;

• Martina Rimoldi (EMBL-EBI) pour son poster intitulé « DNA methylation patterns of transcription factor binding regions characterize their functional and evolutionary contexts » ;

• Oshma Chakoory (UCA) pour son poster et sa démonstration de « RiboTaxa : Combined approaches for taxonomic resolution down to the species level from metagenomics data revealing novelties ».

Nous en profitons pour les féliciter de nouveau et remercier également les membres du jury.

Vous pourrez retrouver les résumés notamment de ces présentations sur le site de JOBIM2022, ainsi que les photos de la conférence ici.

JOBIM c’est aussi l’occasion pour la SFBI de faire son assemblée générale, et notamment de renouveler 3 membres de son bureau : Matthias Zytnicki et Erwan Corre repartent tous deux pour un nouveau mandat de 3 ans, et Marc Deloger quitte le bureau après 6 années durant lesquelles il aura notamment assumé la responsabilité de trésorier. Sandra Dérozier ingénieure d’étude en bioinformatique à INRAE Jouy en Josas, fait son entrée à la SFBI. Déjà fortement impliquée localement dans l’animation de réseau métier et dans diverses formations, nous lui souhaitons la bienvenue.

Cette AG, a aussi été un temps pour partager avec les adhérents, les actions menées et celles à venir, dont voilà un bref récap’ de la présentation :

• Mise à disposition d’un site web permettant à la communauté la diffusion d’offres d’emploi et de stages (735 offres postées en 2021) ainsi qu’une liste des formations en bioinformatique ;

• Participation à des réseaux : MetBIF, REBIF, COSSAF ;

• Financement de bourses de voyages, d’événements, ou encore de prix : 11 bourses en 2021, déjà 31 bourses en 2022 et exclusivement pour JOBIM2022, 2 bourses de garde d’enfants pour permettre aux parents de participer à la conférence ;

• Et bien sûr le pilotage et soutien de conférences en bioinformatique, notamment JOBIM.

À propos de JOBIM2023, la double conférence ISMB/ECCB2023 pose ses valises à Lyon. Quid de JOBIM ? Retrouvez notre présentation sur le match ISMB/ECCB2023 vs JOBIM2023.

Suivez nous sur notre site internet et sur la liste bioinfo pour rester aux faits de l’implication de la SFBI, de l’IFB et du GDR-BIM dans la conférence ECCB/ISMB et bien sûr de la prochaine édition de JOBIM en virtuelle et sur plusieurs sites en France.

Pour terminer sur une petite note rigolote, une vente remarquable de T-shirt aux couleurs de la SFBI a eu lieu lors de JOBIM. Nous avons pris notes des remarques des fashionista, et nous organiserons très bientôt un concours pour la création de nouveaux logos.

ETBII : École Thématique en Bioinformatique Intégrative de l’IFB

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB/ELIXIR-FR) a le plaisir de lancer la première édition de sa nouvelle École Thématique en Bioinformatique Intégrative (ETBII) : principaux concepts, mise en pratique et constitution de matériel pédagogique. 

Dans l’objectif de fédérer des compétences en bioinformatique intégrative au sein de la communauté, l’IFB propose une nouvelle école thématique ayant un double objectif:

• une montée en compétences théoriques et pratiques des bioinformaticiens,

• la constitution de matériel pédagogique partagé sur ce sujet.

Cette école rassemble une équipe pédagogique de 10 personnes, constituée d’Anaïs Baudot, Morgane Terezol, Carl Herrmann, Delphine Potier, Alban Gaignard, Olivier Dameron, Jimmy Vandel, Hélène Chiapello, Olivier Sand, Lucie Khamvongsa-Charbonnier, et pourra accueillir 30 participants pour sa première édition qui se déroulera du 16 au 20 janvier 2023 sur le Site CAES CNRS Villa Clythia à Fréjus. 

La formation a pour but :

• d’introduire les concepts de bases et les différents types d’approches utilisées en bioinformatique intégrative,

• de proposer un approfondissement et une mise en pratique d’une de ces approches sur un/des jeux de données intégrant différents types de données omiques. 

• de créer, améliorer et partager les ressources pédagogiques (supports de formation, jeux de données, tutoriels) sur le thème de la bioinformatique intégrative.

Vidéo de présentation d’ETBII

Plus d’informations, Inscription (date limite12/10/2022), Contact 

Les élections du bureau JeBiF approchent !

L’automne est là, et avec lui les prochaines élections de JeBiF, qui ont traditionnellement lieu en fin d’année, suivront bientôt.

L’association a besoin de nouveaux membres pour étoffer son bureau dont certains élus ont prévu de prendre une “retraite” bien méritée. Si vous souhaitez investir du temps dans l’organisation d’événements et de rencontres pour la communauté bioinfo, vos candidatures sont donc tout à fait bienvenues ! Vous pouvez nous les adresser par mail à contact@jebif.fr.

Nous vous rappelons également que faire partie du bureau de l’association n’est pas le seul moyen de contribuer aux actions de JeBiF ! Le rôle de bénévole actif vous permet de participer, ponctuellement ou non, à l’organisation d’événements JeBiF. En outre, nous souhaiterions pour l’année prochaine proposer à nos membres qui le souhaitent d’être un contact privilégié pour l’organisation de JeBiF pubs et de ToBi dans leur ville de résidence.

Si vous avez des questions à ce sujet, n’hésitez pas à venir nous les poser sur notre serveur Discord https://discord.com/invite/qEbxuFPBN8 !

Au programme

Septembre

• 19-23 : Online Workshop on Machine Learning for Microbial Genomic

• Jusqu’au 23 septembre : Formation sur l’analyse de metabarcoding, du 05 au 09 décembre 2022 à Roscoff, organisée par l’Ifremer.

• Jusqu’au 30 septembre :

• Questionnaire sur « l’impact des transformations intervenues dans la recherche publique, notamment du financement par appels à projets, sur la gestion du temps et la nature des activités », soumis par la commission d’études spécialisées sur la recherche du CNESER.

• Diplôme Universitaire : « Création, analyse et valorisation des données biologiques omiques » organisé par l’université de Paris Cité sur l’année 2023.

Octobre

• Formation sur la « phylogénie avancée » du 4 au 6 octobre, à Montpellier organisée par la plateforme ATGC.

• 7 octobre en ligne : séminaire mensuel du GT Bioss : "Experimental and computational methods for synthetic biology and cybergenetics”

• 17-18 à Lyon : Compyscan22 : A complex systems approach to cancer understanding

• jusqu’au 22 octobre: inscription à l’école thématique de biologie intégrative organisée par l’IFB

• 25-26 en distanciel: Metabolism and mathematical models: Two for a tango workshop

Novembre

• 17 à Nantes : journée GT Bioss, soumission en cours

• 17 et 18 à Bordeaux : journées SeqBIM, soumission en cours

• 16 formation autour des « Omics & NGS » du 28 au 16 décembre organisée par l’institut Agro Rennes-Angers.

Mars 2023

• Formation analyse de données omiques, 06-10 mars 2023 (niveau II), 15-17 mars 2023 (niveau I), à Nice organisée par Université Côte d’Azure.

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