Bioinformations n° 38 - juin 2024

À l'affiche

Le Hackathon JeBiF - Workshop à JOBIM 2024


À l’occasion de JOBIM 2024, JeBiF vous donne rendez-vous le 24 juin pour notre HACKATHON !

L'occasion de vous former à la reproductibilité à travers un projet bioinfo !

Au programme : Git, Conda et Mamba, construction de pipelines reproductibles et modulables avec Nextflow et Snakemake, introduction à la conteneurisation, et application de l'ensemble à travers le hackathon !

Quand ? Lundi 24 juin 2024 & Mardi 25 juin 2024
Où ? Université Toulouse III – Paul Sabatier
Qui ? Les étudiant.e.s et les doctorant.e.s sont prioritaires pour les inscriptions.

Retrouvez le programme complet :

https://discord.gg/CEVhYzyzQ2

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
Présentation

OSception : du Linux dans Windows

Selon où on travaille, on n'a pas toujours le choix de l'OS sur notre ordinateur. Heureusement, des solutions existent comme Windows Subsystem for Linux, ou WLS pour les intimes, pour pouvoir utiliser les programmes GNU/Linux dans Windows.

On vous aide à mettre en place WSL2 à travers un didacticiel rapide et efficace proposé par azerin :https://bioinfo-fr.net/coder-sous-windows-avec-wsl2.

Bioinfo-fr.net
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Retrouvez l’IFB à JOBIM !

Vous vous demandez ce qu’est l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et ELIXIR-FR ? Qu’est-ce qu’on y fait et à quoi cela sert ? Quelle est sa place dans la communauté bioinformatique française, et quelles sont ses activités au niveau européen ?

Profitez de JOBIM pour trouver réponse à ces questions, en venant nous rencontrer ! 

Mercredi 26 juin à 16h, la direction de l’IFB donnera une présentation générale, pour avoir la vue d'ensemble.

Jeudi 27 juin 16h30 - 18h30, place au mini-symposium du groupe e-formation, annoncé lors du dernier numéro des bioinformations : La technologie Wasm : une révolution pour l’apprentissage de la bioinformatique ?

Retrouvez-nous lors des sessions posters pour en savoir plus sur :

  • le réseau national des ressources de calcul pour la bioinformatique (NNCR),
  • le projet Abromics,
  • l’orchestration des flux de données dans le projet MUDIS4LS,
  • l’ontologie EDAM,
  • la matrice de compétences Unix pour la formation.

Enfin, n’hésitez pas à échanger avec les personnes travaillant sur les plateformes IFB, réparties sur toute la France.

A bientôt à Toulouse.

Institut Français de Bioinformatique
À l'affiche

JOBIM 2024 se déroule à Toulouse cette année !

Cette année, JOBIM2024 a lieu dans la Ville Rose ! Vous êtes 470 inscrits en présentiel et 87 en distanciel. La SFBI et, les comités d’organisation et de programme sont heureux que la communauté soit au rendez-vous, comme chaque année. La conférence débutera le mardi 24 juin et la SFBI sera là pour répondre à toutes vos questions, notamment lors de notre Assemblée Générale qui aura lieu le 26 juin après-midi. À cette occasion, nous présenterons les différents bilans ainsi que les membres du bureau pour lesquels les adhérent·e·s de la SFBI peuvent voter jusqu’au 24 juin. Nous comptons sur vous !

Nous vous souhaitons une excellente conférence et au plaisir de vous rencontrer !

Société Française de Bioinformatique
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Réseau MERIT, parce que notre métier le mérite!

Le jeune réseau métier MERIT (Réseau MetiER en bIoinformaTique) a vu le jour en 2023 et participe désormais aux Bioinformations ! Ce réseau est soutenu par les 2 instituts :  CNRS Sciences informatiques et CNRS Biologie.

Les réseaux métiers du CNRS ont pour but de fédérer une communauté d'ingénieur•e•s mais également de chercheur·euse·s autour d’un ensemble d’activités métier afin de faciliter le maintien et le développement des compétences, et de limiter l’isolement professionnel. Vous connaissez déjà peut-être les réseaux DevLog, ResInfo ou encore RBDD qui font partie de la Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires (MITI) du CNRS. MERIT se veut être le réseau métier qui rassemble les personnels de la recherche académique travaillant dans le domaine très large (mais non moins passionnant) de la bioinformatique. Alors quel que soit votre statut, votre fonction ou votre employeur, si vous vous sentez bioinformaticien•ne dans l’âme et dans vos activités, venez rejoindre MERIT !

En plus de l’organisation de journées thématiques, MERIT a pour mission de soutenir la structuration et l’animation des réseaux locaux. Le réseau souhaite également favoriser les échanges au sein de groupes de travail sur des thématiques variées : la reconnaissance du métier, l’utilisation de l’IA en bioinformatique, la veille sur les outils d’analyse de données NGS, etc…

Pour mener ses actions, le réseau MERIT sera bien-sûr en lien avec les autres acteurs de la communauté bioinformatique (IFB, GdR BIMMM, SFBI, PEPI IBIS de INRAE…). Il sera un levier pour (i) assurer des activités collectives de veille scientifique et technique et (ii) diffuser largement des nouvelles compétences ou pratiques innovantes dans le domaine de l'ingénierie bioinformatique.

Après des journées de lancement qui se sont déroulées en mai 2023 regroupant plus de 60 bioinformaticien•ne•s de tous horizons, puis une journée dédiée à l’utilisation des IA génératives en bioinformatique en janvier dernier, nous serons cette année à JOBIM Toulouse ! Alors n’hésitez pas à venir discuter avec nous pour en savoir davantage sur le réseau MERIT.

Plus d'information: https://merit.cnrs.fr

Réseau MetiER en bIoinformaTique
À l'affiche

Un JeBiF Pub pour JOBIM !

Les JeBiF Pubs, c’est quoi ?

Une occasion de se rencontrer, de discuter de bioinformatique (ou pas), de passer un bon moment autour d'un verre ! Vous êtes tous les bienvenus : stagiaires, doctorants, ingénieurs, chercheurs, ...

JEBIF PUB @ JOBIM 2024

Le prochain JeBiF Pub aura lieu à l'occasion de JOBIM 2024 à TOULOUSE le lundi 24 juin au Dubliners.


Les derniers JeBiF Pubs

Paris le 25 avril au barBar des Halles rue Saint Honoré. Une vingtaine de jeunes bioinformaticiens (étudiants, doctorants, post-doctorants, ingénieurs, titulaires) étaient présents pour discuter de bioinformatique !

Rennes le vendredi 12 avril au bar Chope et Compagnie. En collaboration avec l'Association e-BIGO du master de bioinformatique de l'Université de Rennes, une trentaine de bioinformaticiens se sont rassemblés ! Les étudiants du master de Rennes ont pu discuter avec des anciens de leur formation, échanger sur les dernières avancées en bioinformatique, et partager leurs expériences. Cet événement a aussi permis de renforcer les liens au sein de la communauté bioinformatique de Rennes, en créant des opportunités de réseautage et de collaboration.

Montpellier le jeudi 28 mars, à la Microbrasserie la Barbotte au 1 Rue Des Deux Ponts. JeBiF s'est associé avec les PhD Pub et l'association des étudiants du Master Bioinformatique Université de Montpellier (EBIM) pour vous proposer une édition spéciale du JeBiF Pub ! Cet événement a présenté un format spécial, mettant en avant les présentations des sujets de thèse de Callum, Pierre et Marion. Ce fut un excellent exercice qui a permis aux étudiants du master de bioinformatique de Montpellier de se familiariser avec le processus et les attentes d'une thèse.

Il n'y a pas de JeBiF Pubs dans votre ville ?
Dans ce cas, n'hésitez pas à rejoindre notre Discord ou à nous contacter : https://jebif.fr/contact/.

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
Présentation

Nouvelle illustration des métiers de la bioinformatique

Nous enrichissons notre panel d’illustrations des métiers de la bioinformatique en vous proposant un nouvel entretien :

  • Anne Goelzer, ingénieure de recherche au sein de l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (INRAE MaIAGE) et Nadia Bessoltane, ingénieure d'étude à l'Institut Jean-Pierre Bourgin (INRAE IJPB) partagent avec nous l'histoire de leur collaboration autour d'un projet consistant à mieux comprendre la stratégie d'allocation de ressources de la plante Arabidopsis thaliana en combinant modélisation mathématique multi-échelle et expériences biologiques. Vous découvrirez la rencontre entre le domaine de la biologie des systèmes et celui de la bioinformatique, et comment l'un apporte à l'autre. (article)

Bonne lecture à vous, et si vous êtes intéressés par la diffusion de votre vision de votre métier, n’hésitez pas à nous contacter.

Société Française de Bioinformatique
Divers

Comment Bioinfo-fr peut booster vos compétences ?

Bioinfo-fr est une communauté informelle vous proposant diverses plateformes d'échanges et de soutiens, au quotidien sur nos salons de discussion, et de façon plus pérenne sur notre blog.

Nombreuses sont les personnes qui nous ont témoigné comment les articles du blog les ont aidées dans leurs études, ou pour découvrir les métiers de la bioinformatique, mais aussi comment la rédaction d'articles les a aidées à améliorer leur communication et leur confiance en leurs compétences.

Pourquoi les blogs communautaires sont importants ?

Les blogs communautaires sont des plateformes en ligne où des personnes partagent leurs expériences, leurs intérêts, et leurs opinions afin d'échanger des connaissances et des points de vue sur un sujet commun. Ils servent à développer un sentiment d'appartenance, à apprendre des autres, et à contribuer à une cause commune.

Il existe de nombreuses raisons pour participer à un blog communautaire :

  • Favoriser les interactions
  • Partager des informations
  • Trouver des sources d'inspiration
  • Gagner confiance en soi

Comment participer à Bioinfo-fr.net peut vous aider à développer vos compétences ?

On ne va pas se mentir, on a tous une forte tendance au syndrome de l'imposteur, qu'on soit jeune ou moins jeune. Partager un bout de connaissance ou compétence permet de rebooster la confiance en soi. C'est connu, le partage altruiste est bon pour le moral, et ça marche !

En science, nous communiquons énormément par écrit. Il est important de savoir s'exprimer de façon claire, concise, et dans un langage pas trop technique pour être compris du plus grand nombre. 

Le blog Bionfo-fr.net, c'est avant tout de la communication scientifique, en français, sans pression et dans une ambiance collaborative. Nous vous donnons accès à une plateforme d'expression avec une audience large (~300 visiteurs uniques par jour), et nous vous aidons tout au long de votre processus de rédaction à travers un système de relecture par des pairs afin de vous aider à parfaire vos articles avant leur publication. Plus vous rédigez, plus vous aurez de retours constructifs, et plus vous vous sentirez à l'aise dans votre communication.

Enfin, participer au blog vous permet aussi d'entrer en contact avec des personnes partageant vos centres d'intérêts, et ainsi participe à agrandir votre réseau. Peut-être allez-vous rencontrer votre futur maître de stage/collègue/employeur grâce à votre participation ?

Osez participer, peu importe votre niveau ! Oui, vous aussi les étudiants, vous pouvez le faire ! Venez en discuter avec nous sur nos salons Discord, matrix, ou IRC, ou contactez-nous par mail (admin AT bioinfo-fr.net).

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