Bioinformations n° 27 - mars 2021

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Quoi de neuf du côté de la SFBI et de JOBIM

L’année 2020 aura été comme une parenthèse virtuelle avec une édition de JOBIM qui n’a pas manqué de succès et dont l’organisation fera l’objet prochainement d’un article scientifique. Vous en entendrez probablement bientôt parler. En attendant, la préparation de JOBIM 2021 continue. Comme vous le savez déjà, les dates de cette édition de JOBIM ont été reculées du 6 au 9 juillet(). Pour rappel, les soumissions de présentations orales sont ouvertes jusqu’au 7 avril, et celles des posters ouvriront le 12 mai. Toutes les infos sur le calendrier sont disponibles sur le site de JOBIM : https://jobim2021.sciencesconf.org/.

N’oubliez pas vos adhésions 2021 à la SFBI pour bénéficier du tarif préférentiel.


Du côté de la SFBI, plusieurs projets se dessinent pour l’année 2021. Un nouveau site web devrait voir le jour en collaboration notamment avec l’IFB. Les déplacements ayant été largement réduits l’année dernière et semblant incertains pour ce début d’année, nous réfléchissons à la création d’appels à projet permettant de vous soutenir pour l’organisation d’événements autour de la bioinformatique évidemment. N’hésitez pas à nous soumettre d’ores et déjà vos idées (https://www.sfbi.fr/contact ), et si toutefois vous avez la chance de pouvoir vous déplacer, pensez aux bourses de voyages qui sont ouvertes tout au long de l’année pour les membres de l’association (https://www.sfbi.fr/bourses/toutes-bourses ). Dernier point, la SFBI rejoint d’autres sociétés savantes pour former l’association CoSSAF (https://societes-savantes.fr/creation-dune-federation-de-societes-savantes-academiques/ ). Nous devrons organiser une concertation auprès des membres de la SFBI pour définir le rôle que nous souhaitons tenir dans cette association. L’AG sera un lieu privilégié pour en discuter.


L’AG sera comme chaque année, le moment de remplacer ⅓ du bureau. Si vous souhaitez nous rejoindre, n’hésitez pas à vous faire connaître.

Société Française de Bioinformatique
Exclusivité

MuDiS4LS, le projet d’espaces numériques mutualisés pour les sciences du vivant

L’IFB a soumis un ambitieux projet Mutualised Digital Spaces for FAIR data in Life and Health Science (MuDiS4SL) qui regroupe 39 équipes de 14 organismes, 4 data centres nationaux, 7 data centres régionaux, ainsi que 6 infrastructures nationales productrices de données. Le budget alloué financera l’achat de serveurs et de stockage rapide, qui seront mutualisés entre 22 plateformes IFB, et permettra de recruter 13 personnes. Le projet a reçu un fort soutien des tutelles (CNRS, INRAe, Inserm, CEA et INRIA), qui se sont engagées à pérenniser 7 postes sur les 4 prochaines années.

MuDiS4LS s’appuie sur les compétences et les acquis antérieurs des plateformes IFB : le réseau national de ressources informatique (NNCR) et ses tasks forces mutualisées; les développements actifs du groupe de travail sur l'interopérabilité; les plans de gestion des données exploitables par machine (maDMP); l’accompagnement des communautés des sciences de la vie et de la santé pour déposer leurs données dans des référentiels internationaux en libre accès . Il comprend également une forte composante de formation pour habiliter les scientifiques de la vie à gérer, analyser et partager leurs données de recherche. 

La pertinence du projet sera démontrée à travers 5 cas d’études couvrant des domaines d’application variés et dans lesquels sont abordés le problématiques d’intégration et de partage de données multi-omiques: (1) combinaison de données d’imagerie avec d’autres données omique; (2) biologie marine; (3) santé (relever les défis de l’hébergement des données de santé); (4) recherche microbienne; (5) agriculture. 

Dans l’ensemble, MuDiS4LS promouvra la science ouverte en fournissant aux scientifiques de la vie toutes les clés pour rendre leurs données trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables (FAIR).


Plus d’informations 

Institut Français de Bioinformatique
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JeBiF participe au SCS 2021 !

Tous les deux ans, les conférences européenne ECCB et internationale ISMB sont organisées ensemble en Europe, sous l’appellation ISMB/ECCB. C’est également à ce moment qu’est organisé le Student Council Symposium (SCS) du Student Council de l’ISCB, dont JeBiF est la branche française.

L’ISMB/ECCB 2021 aurait dû se dérouler à Lyon, mais malheureusement, à cause de la crise sanitaire, cette édition aura lieu entièrement en dématérialisé. Pour cette année, l'équipe JeBiF a voulu s'impliquer dans l’organisation du SCS 2021, aux côtés des autres branches européennes et internationales du Student Council. Ce sera le moment idéal pour rencontrer et échanger avec des bioinformaticiens des quatre coins du globe ! Nous travaillons donc actuellement sur une version virtuelle de cet événement, adaptée au contexte sanitaire actuel.

Retrouvez toutes les infos de cet événement sur le Twitter de l'événement ainsi que sur notre site internet, et suivez-nous sur nos réseaux pour être tenus au courant des dernières nouvelles !

Twitter : @Jebif

Facebook : https://www.facebook.com/JeBiF.RSG.France/

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
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Les TOBIrtuelles de JeBiF

Depuis Novembre, l’équipe des JeBiF Pubs vous propose une alternative en distanciel pour les Tables Ouvertes en BioInformatique (TOBirtuelle). Nous avons eu le plaisir de rencontrer Marc Deloger, Anna-Sophie Fiston Lavier et Arnaud Le Rouzic. Au vu des retours positifs et du succès de ces premières éditions, nous maintenons dans la mesure du possible un rythme mensuel et nous écoutons toutes vos suggestions afin de développer au mieux le format. C'est ainsi que Patrice Ringot rejoint la liste des invités lors de l'édition de février.

Malgré la crise sanitaire, nous faisons notre possible pour réunir la communauté bioinformatique française. Nous vous invitons alors à vous inscrire et adhérer (c’est gratuit !) à notre association pour rester au courant de nos futures actions.

En savoir plus sur nos TOBi

Adhérer à JeBiF

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
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L’offre de formation IFB pour 2021 autour de la thématique FAIR

En ce début d’année, l’IFB/ELIXIR-FR est heureux de vous annoncer son offre de formation autour de la thématique FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) pour l’année 2021.

Deux éditions de notre nouvelle formation “FAIR data : Science Ouverte et PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé” vous sont proposées en distanciel synchrone (avec l’outil zoom) au printemps (du 15 au 19 mars 2021) et à l’automne (du 16 au 19 novembre) 2021. 

Cette formation cible l’ensemble des personnels scientifiques confrontés à la gestion de jeux de données en sciences de la vie et de la santé et souhaitant mettre en œuvre les principes « FAIR » tout au long du déroulement d’un projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche. Elle présentera sous forme de séances pratiques et interactives les ressources accessibles à la communauté scientifique, en particulier dans le domaine des sciences de la vie et de la santé, ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche. 

Vous trouverez plus d'informations sur notre site web dédié.

La session 1 de printemps (mars 2021) cible plus particulièrement un public averti susceptible de devenir formateur sur cette thématique. Inscriptions avant le 5 mars 2021: formulaire d'inscription. La session 2 d’automne (novembre 2021), est ouverte à tout public.

Enfin, nous vous proposons une deuxième édition de notre formation “FAIR bioinfo : Comment rendre un projet bioinformatique plus reproductible ?” du 28 au 30 juin 2021 en présentiel à Paris. Vous trouverez plus d'informations sur le contenu de cette formation sur notre site web dédié. Les inscriptions seront ouvertes prochainement.

Institut Français de Bioinformatique
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Retrouvez-nous pour le Workshop JeBiF@JOBIM 2021 !

Cette année 2021 verra la 2ème édition de JOBIM sous pandémie de COVID. Toute l’équipe de JeBiF prend les dispositions nécessaires pour préparer un workshop JeBiF@JOBIM adapté à ce contexte sanitaire si particulier. Nous travaillons main dans la main avec le comité d’organisation de JOBIM 2021 pour proposer une version dématérialisée de l’événement.

Nous avons hâte de pouvoir vous présenter ce que nous vous réservons. Vous pouvez retrouvez toutes les infos de notre workshop sur notre site internet.

Rendez-vous à JOBIM !

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France
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Les événements du semestre à ne pas manquer

Formations et conférences ne manquent pas en ce début d’année :

Société Française de Bioinformatique

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