Bioinformations n° 42 - juin 2025

Présentation

Nouvelle illustration des métiers de la bioinformatique

GdR BIM

Nous enrichissons notre panel d’illustrations des métiers de la bioinformatique en vous proposant une nouvelle fiche métier de Félix Giraud , bioinformaticien chez NAOS, analyse l’impact des produits cosmétiques sur le microbiome cutané à partir de données de séquençage. Entre conception d’études, analyses et présentations vulgarisées, il travaille en étroite collaboration avec les biologistes. Il souligne l’importance de la communication scientifique et voit dans la bioinformatique un domaine en plein essor, riche d’opportunités dans le privé.

Bonne lecture à vous, et si vous êtes intéressés par la diffusion de votre vision de votre métier, n’hésitez pas à nous contacter.

Société Française de Bioinformatique

À l'affiche

Vulgariser la bioinformatique: le workshop JeBiF@JOBIM Bordeaux

GdR BIM

À l’occasion de JOBIM 2025 à Bordeaux, l’association JeBiF organise les 7 et 8 juillet un workshop dédié à la vulgarisation scientifique en bioinformatique.

L’objectif ? Donner aux jeunes chercheur·ses des outils concrets pour transmettre leurs savoirs à un large public, de façon ludique, claire et accessible. Adaptation du discours, choix des supports, formats innovants… autant de thèmes qui seront abordés.

Le workshop débutera par une table ronde réunissant quatre professionnel·les aux profils variés, qui partageront leurs expériences et conseils sur la médiation scientifique.

S’en suivront des ateliers pratiques, durant lesquels les participant·es imagineront des dispositifs originaux de vulgarisation autour de concepts bioinformatiques.

Que vous soyez en master, en thèse, jeune docteur ou ingénieur, ce moment est pour vous !

Lieu : LaBRI, Talence (Université de Bordeaux)

Dates : 7–8 juillet 2025

Inscriptions : https://jebif.fr/events/jebifjobim-2025/

Rejoignez-nous également sur Discord pour suivre les infos en direct :

https://discord.com/invite/DY4vf5k3uP

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France

Exclusivité

Rtrainer, l’appli d’auto-formation à R

GdR BIM

RTrainer est un outil pédagogique innovant, pensé pour se former à l’usage du langage R dans la communauté scientifique. Biologiste, étudiant·e, bioinformaticien·ne, cette application est un outil d’auto-formation adéquat pour développer des compétences essentielles en analyse bioinformatique.

Développée en 2023 par Denis Puthier du TAGC à Marseille (équipe associée de l’Institut Français de Bioinformatique - IFB), RTrainer est disponible depuis mars 2025 pour l’auto-formation grâce à une collaboration avec les équipes de l’IFB-core. En effet, Julien Seiler du NNCR cluster et Lucie Khamvongsa de l’équipe formation ont porté conjointement cette solution sur le portail Open OnDemand du core cluster IFB.

Cette application propose un parcours progressif pour s’initier au langage R, en mettant l’accent sur la pratique.

Pour tout savoir sur ce nouvel outil, consultez l’article sur le site IFB.

Institut Français de Bioinformatique

Aux dernières nouvelles

Réseau MERIT : webinaires des Groupes Thématiques

GdR BIM

Les groupes thématiques (GT) se structurent, les séminaires se mettent en place et un projet d’Action Nationale de Formation (ANF) se précise pour l’automne. (https://merit.cnrs.fr/les-groupes-thematiques/)

Le GT Annotation a co-organisé avec le PEPI Annot de l’INRAE son premier webinaire le 17 mars sur l'annotation de génomes non modèles. Un second séminaire est programmé le 19 juin à 14h durant lequel Sylvain Foissac abordera le sujet des fusions de gènes et de transcrits.
Le GT Long Reads proposera prochainement un questionnaire afin d’identifier les prochains sujets à aborder.
Le GT Intégration de données hétérogènes a organisé son premier webinaire le mardi 6 mai 2025 et a accueilli à cette occasion Christine Brun qui a présenté ses travaux de recherche sur la biologie des réseaux.
Le GT Single Cell a organisé un webinaire le 22 mai 2025 autour de deux partages d’expérience par Julie Chevalier et Audrey Onfroy sur les analyses de données de single cell RNA-seq et leur reproductibilité.
Le GT Métier Bioinfo poursuit ses échanges avec le groupe Bioinfodiag et la SFBI pour redéfinir les fiches métier et trouver des contacts auprès des RH du CNRS.
Le GT FAIR, reproductibilité et workflows organise du 25 au 28 novembre 2025 une Action Nationale de Formation (ANF) sur la thématique “Workflows et reproductibilité en bioinformatique” (inscriptions et informations à venir).

MERIT en soutien aux colloques scientifiques.

MERIT a soutenu l’organisation de la seconde journée du réseau local Biotic le 22 mai 2025 sur le Campus de Luminy qui a rassemblé plus de 80 participants.

MERIT a contribué également à l’organisation du Colloque IABioScripting "Utilisation des IA génératives comme appui à la programmation et au scripting pour la biologie" le 13 juin à Paris.

A venir...

Comme l’année passée, MERIT prévoit de se réunir en amont de la prochaine édition de JOBIM, le 8 juillet au matin à Talence (plus d’infos à venir).

Enfin, dans l’objectif d’intégrer la MITI (Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires du CNRS) MERIT va travailler durant l’été à la rédaction de son dossier de candidature pour cette intégration.

Si vous souhaitez rejoindre le réseau MERIT et être informé sur ses actions, quel que soit votre statut et votre employeur, inscrivez-vous à notre liste de diffusion.

Réseau MetiER en bIoinformaTique

À l'affiche

JOBIM2025, ça se passe à Bordeaux cette année !

GdR BIM

Cette année, JOBIM2025 pose ses valises à Bordeaux !

Vous êtes 500 inscrits en présentiel et 81 en distanciel. La SFBI et les comités d’organisation et de programme sont heureux que la communauté soit au rendez-vous, comme chaque année.

La conférence débutera le mardi 8 juillet et la SFBI sera là pour répondre à toutes vos questions, notamment lors de notre Assemblée Générale le mercredi 9 juillet après-midi. À cette occasion, nous présenterons les différents bilans ainsi que les membres du bureau pour lesquels les adhérents de la SFBI peuvent voter jusqu’au 8 juillet 23h59.

Nous vous souhaitons une excellente conférence et au plaisir de vous rencontrer !

JOBIM 2025

Société Française de Bioinformatique

Aux dernières nouvelles

BioStream: Trouver sa thèse et son financement

GdR BIM

Lors de notre BioStream d’avril, nous avons abordé un sujet essentiel pour les jeunes bioinformaticien·ne·s : comment décrocher une thèse et obtenir un financement ?

Notre invitée principale, Anaïs Baudot, directrice de recherche au CNRS à Aix-Marseille Université, est revenue sur son propre parcours de thèse et son expérience d'encadrement, en partageant des conseils pratiques et un regard lucide sur les réalités du doctorat. L’émission a également laissé la parole à plusieurs jeunes bioinformaticien·ne·s, en thèse ou en postdoc, à travers une libre antenne riche en retours d’expérience, entre doutes, réussites et conseils.

La rediffusion est disponible ici :
https://www.youtube.com/live/lKtzjO7c3aM?si=C3kXQ_vo0T-uC5QS

BioStream illustration

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France

Aux dernières nouvelles

Nouvelles du GdR BiMMM

GdR BIM

Le GdR a clôturé son appel à animations le 31 mai. Ce dernier permet d’apporter un soutien à l'organisation de journées scientifiques ou d'écoles thématiques. Les prochaines manifestations financées dans ce cadre sont le colloque AUTOMATA - WAN à Lille (du 30 juin au 4 juillet) sur les automates cellulaires et les systèmes complexes discrets et la seconde édition de NCSB en bioinformatique structurale à Nancy le 19 juin. Pour les amateurs d’animations scientifiques en altitude, notez également l’édition 2025 de SSMPG, la désormais classique école d’été en génomique des populations et la 5ᵉ édition de CompSysBio (qui marque aussi son 10ᵉ anniversaire) sur la biologie des systèmes, qui prendront toutes les deux place à Aussois. Si vous souhaitez vous aussi ajouter votre évènement à cette liste mais avez raté la date limite pour demander un soutien au GdR, il n’est pas forcément trop tard : un nouvel appel à animations aura lieu en fin d’année !

Au-delà de son soutien à des manifestations, le GdR a également une activité propre via ses groupes de travail (GT). Les GT MASIM et BIOSS ont ainsi organisé leurs journées annuelles en avril pour MASIM et mai pour BIOSS avec un programme alléchant dans chaque cas. Pour ne rien rater aux actions des GT dont vous êtes proche, n’hésitez à les rejoindre via l’interface myGDR. Le GdR sera par ailleurs présent à JOBIM, la grand-messe annuelle des bioinformaticiens avec deux mini-symposiums co-organisés par des membres du GdR : The Genomics of Biodiversity et MIGGS (ce dernier étant également un atelier du GdR).

Pour finir et comme tous les deux ans, le GdR organise ses journées du 24 au 28 novembre à Nantes. La journée plénière aura lieu le mercredi 26 et sera encadrée de journées satellites organisées par les GT BIOSS, LEGO, SeqBIM et StatOmique. On vous reparlera du programme en septembre mais notez dès à présent la date dans votre calendrier !

GDR Bioinformatique Moléculaire : Modélisation et Méthodologie

À l'affiche

Usegalaxy.fr, la plateforme open-source d’analyse de données en France

GdR BIM

Galaxy est une plateforme gratuite et open source, incontournable au sein de la communauté de recherche en science de la vie. Grâce à son interface web “clic-bouton”, Galaxy permet aux non-experts de la ligne de commande Unix d’analyser leurs données. Mais Galaxy, c’est beaucoup plus que cela : il permet de créer et partager des workflows, comme vitrine aux développeurs d’outils qui, via le catalogue Galaxy, en assure sa large diffusion, et s’articule ainsi avec les environnements Rstudio et Jupyter… Le projet a pour ambition de rendre la science plus FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reutilisable), en facilitant l’accès aux outils de calcul en ligne, de commande via une interface web unifiée ou via une API.

La communauté Galaxy est dynamique et s’implique tant dans l’amélioration de l’écosystème que dans la formation des utilisateurs.

Dans le cadre de la formation, l’univers Galaxy se compose de la « Galaxy Training Network », l’un des piliers de l’écosystème qui propose des ressources pédagogiques ouvertes et collaboratives afin de former les utilisateurs aux diverses analyses bioinformatiques sur Galaxy.

L’IFB/ELIXIR-FR est aujourd’hui très impliqué dans Galaxy. Au niveau européen : en participant à l’animation des communautés Galaxy autour de la formation, et au développement de la plateforme. En France, en mettant à disposition des chercheurs, une plateforme nationale (Usegalaxy.fr) hébergée et gérée sur le Core Cluster IFB.

Une plateforme mondiale pour démocratiser la bioinformatique

Développé aux États-Unis, Galaxy se décline à travers plusieurs serveurs publics interconnectés, parmi lesquelles des instances globales usegalaxy.org (États-Unis), usegalaxy.eu (Europe) et à visée plus nationale comme usegalaxy.org.au (Australie) et usegalaxy.fr (France). Ces plateformes usegalaxy servent une communauté mondiale toujours grandissante de plus de 500 000 utilisateurs. Usegalaxy.fr est aujourd’hui un service ELIXIR (SDP) accessible à toute la communauté.

Usegalaxy.fr : un outil au service des communautés scientifiques nationales

Le service usegalaxy.fr est géré par les équipes de l’IFB-core, et plus particulièrement par les plateformes ABIMS, Genouest et Aubi. Les utilisateurs bénéficient d’espaces de stockage pour leurs données, localisés en France à Orsay sur le core cluster de l’IFB, comprenant une puissance de calcul très importante et un support utilisateurs en français via le site Community Support de l’IFB. Certains outils installés sont développés par des équipes françaises, comme celles du MNHN ou de Workflow4Metabolomics.

Usegalaxy.fr et sa communauté en quelques chiffres, c’est pas moins de :

97 nœuds de calcul
4800 CPU-cores
63 To de RAM
4 Po de stockage
Plus de 9000 utilisateurs
5,5M jobs en 2025 (et l’année n’est pas terminée !)
1850 outils classés par thématiques

Galaxy France propose 10 sous-domaines (<sub-domain>.usegalaxy.fr) : ecology ; metabarcoding ; proteore ; covid19 ; workflow4metabolomics ; met4j ; plants-pathogens ; mnhn ; microbiology ; singlecell.

Aujourd’hui, Galaxy France est reconnu comme une ressource nationale essentielle en bioinformatique, et son impact est multiple :

Point de contact entre les communautés française et internationale Galaxy
Socle pour l’analyse de grands projets de recherche nationaux et européens, comme ABRomics, EOSC, le PEPR ATLASea ou encore Galaxy-BioProd (PEPR B-Best)
De nombreuses formations Galaxy sont données au niveau national et européen par les équipes formations de l’IFB/ELIXIR-FR

Pour en savoir plus sur Galaxy France et rejoindre la communauté, rendez-vous sur usegalaxy.fr.

Institut Français de Bioinformatique

Présentation

BioStream: rencontre avec BioInfoDiag

GdR BIM

Le mercredi 4 juin, l’association JeBiF (Jeunes Bioinformaticiens de France) a eu le plaisir d’accueillir l’équipe de BioInfoDiag (Réseau Français de Bioinformatique pour le Diagnostic) pour un BioStream consacré à la bioinformatique appliquée à la santé humaine. À cette occasion, plusieurs thématiques ont été abordées, notamment :

Comment structurer et partager les données issues du diagnostic génomique
Le développement d’outils innovants et reproductibles dans une démarche qualité
La formation des professionnels à l’utilisation de pipelines conformes aux normes en vigueur

La rediffusion est disponible ici :
https://www.youtube.com/live/APb2j74RdeM?si=aWZdoPSXiWJ6PLeS

BioInfoDiag

Ne manquez pas les prochains rendez-vous chaque premier mercredi du mois !

Twitch : https://www.twitch.tv/jebif_rsg_france

Youtube : https://www.youtube.com/@RSGFranceJeBiF

Les prochains RDV :

le mercredi 2 juillet à 19h30

à JOBIM nous interviendrons pour interviewer la communauté !

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France

Aux dernières nouvelles

Des bourses de voyage pour JOBIM mais pas que !

GdR BIM

La SFBI a reçu 24 demandes de bourse de voyage pour la conférence JOBIM2025 ! Nous sommes heureux de voir que vous avez été nombreuses et nombreux à répondre à cet appel.

Comme nous l'avions annoncé, la SFBI a pu en financer 15 d'entre elles afin que stagiaire, doctorant·e, ingénieur·e, post-doctorant·e, ... puissent se rendre à la conférence afin de présenter leurs travaux.

Pour cette année, l'appel est clos mais nous reviendrons l'année prochaine pour JOBIM2026 à ... (et non, il va falloir patienter encore un peu pour connaître la destination 2026 !).

Les demandes de bourse de garde d'enfants sont quant à elle ouvertes tout au long de l'année. Cependant vos demandes doivent nous être transmises avant le début de la conférence.

Les bourses de voyage pour les autres conférences ainsi que les bourses pour l'organisation d'événements scientifiques restent également ouvertes tout au long de l'année alors n'hésitez plus et rendez-vous sur https://www.sfbi.fr/ dans la rubrique "Bourses/Prix" pour en savoir plus.

Société Française de Bioinformatique

Aux dernières nouvelles

Les derniers JeBiF PUBs

GdR BIM

Clermont-Ferrand – 7 mai
Un moment chaleureux au Rimbaud pour discuter science (mais pas que !) dans une ambiance détendue. Merci à tou·tes les participant·es !

Nantes – 5 juin
Une belle première édition au ShakePoint. De beaux échanges entre bioinformaticien·nes et biologistes venus de divers horizons. L’expérience sera renouvelée très vite !

Vous voulez organiser un JeBiF PUB dans votre ville ?

Écrivez-nous contact[@]jebif.fr, on vous accompagne !

Association des Jeunes Bioinformaticiens de France

Présentation

L’IFB/ELIXIR-FR, nœud français de l’infrastructure européenne de bioinformatique en sciences de la vie

GdR BIM

ELIXIR est une infrastructure européenne de bioinformatique qui coordonne, développe et rassemble des ressources en sciences de la vie pour toute l'Europe. Ces ressources comprennent des bases de données, des outils logiciels, des supports de formation, du stockage cloud et des supercalculateurs. Inscrite dans la feuille de route des ESFRI (Forum stratégique européen sur les infrastructures de recherche) depuis 2006, elle a reçu en 2016 le label Landmark pour les infrastructures de recherche ayant un grand potentiel d'impact scientifique international.

L'objectif d'ELIXIR est de coordonner ces ressources afin de former une infrastructure unique et ainsi faciliter la recherche et le partage de données, l'échange d'expertise et la définition de bonnes pratiques pour les scientifiques. Cette organisation compte actuellement 22 pays (dont l'EMBL-EBI et trois pays observateurs) appelés « nœud », dont la France fait partie. Un nœud est un réseau d'organisations travaillant au sein d'un État membre, et chacun est dirigé par une organisation « chef de file » qui coordonne les activités ELIXIR locales. En France, l’IFB/ELIXIR-FR joue ce rôle en étant le nœud français de l’organisation européenne.

ELIXIR a par ailleurs récemment été accepté pour piloter le nœud EOSC (European Open Science Cloud) de recherche en sciences de la vie (avec EMBL, Instruct and EuroBioImaging). Il s’inscrit donc au côté des 12 autres nœuds EOSC sélectionnés dans la construction de la fédération EOSC.

ELIXIR illustration

Un panel de contributions de la France aux activités d’ELIXIR

La mission d'ELIXIR-FR est de doter la communauté bioinformatique française d'outils et d'expertise afin d'améliorer son offre de services auprès des chercheurs, et dans tous les domaines des sciences de la vie incluant la santé et l’environnement. Pour cela, ELIXIR-FR contribue activement à la coordination et aux activités des plateformes (données, outils, calcul, interopérabilité et formation) et des communautés thématiques d’ELIXIR. Dans le cadre de ces activités de formation, ELIXIR-FR a récemment organisé, avec une contribution de trois autres nœuds, une nouvelle formation permettant d’acquérir des connaissances et compétences sur le machine learning et l’intelligence artificielle, domaines reconnus comme stratégiques pour ELIXIR. Cette formation, qui sera renouvelée les prochaines années, illustre l’importance d’une collaboration étroite entre les différents nœuds et les activités de R&D au sein des différentes plateformes et communautés au niveau européen.

En s’assurant de la pérennité des ressources bioinformatiques nationales, ELIXIR-FR participe ainsi au développement d'une infrastructure durable, de traitement et d'analyse des données des sciences de la vie et donne accès à des outils, ressources et formations pour faciliter ces activités.

À ce jour, ELIXIR-FR a contribué à une soixantaine de « projets commissionnés » (CoS), c'est-à-dire des projets financés par ELIXIR dans le but d'améliorer ses services partagés. Il a été également impliqué dans cinq projets européens H2020 menés par ELIXIR depuis 2019.

Des services labellisés par ELIXIR

Par ailleurs, ELIXIR coordonne et développe des services en sciences de la vie dans toute l’Europe. Ces projets sont généralement remontés pas les différents nœuds puis labellisés ELIXIR Service Delivery Plan (SDP) pour une mise à disposition de la communauté scientifique européenne. Le portail de formation TeSS est un exemple qui répertorie sur un seul site web, les supports et les formations en bioinformatique européennes. Il permet aux scientifiques de trouver plus facilement la formation dont ils ont besoin, mais également de mieux les faire connaître.

L’IFB/ELIXIR-FR est à l’origine et contribue aux évolutions de 38 services labellisés, comme EDAM, bio.tools, useGalaxy.fr, TeSS, ...

En 2025, 4 nouveaux services ont été proposés et labellisés par l’IFB/ELIXIR-FR :

ReMap, porté par Benoît Ballester est une base de connaissances sur les régions régulatrices de la transcription, de curation manuelle et construite à partir d'un traitement de données standardisé et d'une analyse intégrative, à grande échelle, des données sur les liaisons à l'ADN. Pour en savoir plus : https://remap.univ-amu.fr/
Gigwa, porté par Guilhem Sempéré, est une plateforme logicielle basée sur le web conçue pour gérer et analyser des données de génotypage à grande échelle. Elle fournit un cadre robuste aux chercheurs pour manipuler, explorer et exécuter des requêtes complexes sur les données de génotypage de diverses espèces. Pour en savoir plus : https://southgreen.fr/content/gigwa
PEP-FOLD4, porté par Pierre Tufféry, est un service conçu pour la prédiction précise et rapide de la structure des peptides contenant moins de 40 acides aminés en solution aqueuse, particulièrement adapté aux peptides poly-chargés. Pour en savoir plus : https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/PEP-FOLD4/#overview
Le graphe de connaissance AgroLD (Agronomic Linked Data), porté par Pierre Larmande, est une base de données RDF spécialisée qui intègre des informations génomiques et génétiques dans le domaine des sciences végétales. Pour en savoir plus : http://www.agrold.org

Par ailleurs, les bases de données labellisées dans un SDP peuvent être proposées pour intégrer le groupe supérieur des Core Data Resource d’ELIXIR. Il s’agit de l’ensemble des ressources de données européennes d’importance fondamentale pour la communauté des sciences de la vie et dont la pérennité est considérée comme critique. Orphadata, la base de connaissances publiques sur les maladies rares maintenue par l’INSERM est ainsi labellisée Core Data Resource.

Pour toutes questions, contactez l’équipe coordinatrice de l'IFB/ELIXIR-FR : europe@france-bioinformatique.fr

Institut Français de Bioinformatique

Divers