Nous recherchons un formateur et des tuteurs pour compléter l’équipe pédagogique de la formation EB3I 2025 (ex EBAII). Cette formation s’adresse aux biologistes qui sont confrontés à l'analyse de données NGS mais qui ne disposent pas encore des compétences bioinformatiques nécessaires, ou qui cherchent à renforcer leurs compétences existantes.

Informations importantes à prendre en compte :
Dates : du 16 (19h) au 21 novembre (12h30) 2025
Lieu : à Roscoff, à l'Hôtel de France, 2 Rue Albert de Mun, 29680 Roscoff.
Vous pouvez consulter la description détaillée sur Moodle.

Les supports pédagogiques de l’édition 2024 sont également disponibles ici : Supports 2024.
Pour les doctorants : à noter que si vous participez à la formation en tant que formateur ou tuteur, une attestation de participation de 39 heures vous sera délivrée. Elle pourra être présentée à votre école doctorale pour validation de vos heures de formation.

N’hésitez pas à diffuser cette annonce aux personnes susceptibles d’être intéressées !

Si vous êtes intéressés ou pour davantage de précisions, vous pouvez contacter bastien.job@gustaveroussy.fr et lucie.khamvongsa-charbonnier@france-bioinformatique.fr.

Après l’été, l'association des Jeunes Bioinformaticien.nes de France (JeBiF - RSG-France) reprend ses activités et souhaite se faire connaître auprès des jeunes bioinformaticien.es qui font leur rentrée !

Exemples de projets menés par JeBiF :

• JeBiF PUB : rencontres informelles entre membres
• JeBiF@JOBIM : tables rondes, posters et hackathons avant JOBIM
• BioStream : lives sur Twitch et YouTube pour découvrir la recherche et les parcours en bioinformatique
• Fête de la Science : Création d'ateliers de vulgarisation scientifique en bioinfo

De plus, JeBiF est associé au Student Council de l’ISCB, ce qui lui confère une portée internationale.

N'hésitez pas à nous contacter, à en parler à vos étudiants, stagiaires et doctorants, en plus, l'adhésion est gratuite !
https://jebif.fr/app/membership/subscription/

L’édition 2025 des JOBIM s’est tenue à Bordeaux, du 8 au 11 juillet. Cette édition a rassemblé 500 inscrits en présentiel et 81 en distanciel. Encore une fois les JOBIM de cette année ont rencontré un grand succès ! Nous tenons à remercier les comités de programme et d’organisation pour le travail fourni, ainsi que l’ensemble des bénévoles ayant œuvré pour que ces JOBIM2025 se déroulent dans les meilleures conditions.

Nous vous donnons rendez-vous à Strasbourg du 30 juin au 3 juillet 2026 pour JOBIM2026 !

MERIT s’est réuni en amont des JOBIM
Le réseau MERIT s’est réuni en présentiel en amont de JOBIM 2025 à Bordeaux. Cette réunion, qui a rassemblé environ 20 participant·e·s, a permis d’échanger sur les activités et projets des réseaux régionaux de bioinformatique (initiatives, financements, organisation), ainsi que sur les besoins financiers des groupes thématiques, l'exercice du métier en CHU, l’action de formation nationale à venir sur les workflows et la structuration de la communauté.

MERIT organise sa première Action Nationale de Formation (ANF)
MERIT et l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organisent une Action Nationale de Formation (ANF) “Workflow et reproductibilité” sur les principes FAIR appliqués aux langages de workflows bioinformatiques à destination des bioinformaticien·ne·s. Il s’agit d’une formation avancée et complémentaire de la formation WF4Bioinfo organisée par l’IFB.
La formation aura lieu du 25 au 27 novembre 2025, au centre CNRS de Villejuif. Les inscriptions sont désormais closes, mais des supports pédagogiques seront partagés sur le site de la formation.

Candidature de MERIT pour rejoindre la MITI du CNRS
Dans l’objectif d’intégrer la plateforme des réseaux de la MITI (Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires du CNRS), MERIT a déposé en septembre 2025 son dossier de candidature. L'intégration de MERIT au sein de la MITI lui permettra d'accroître sa visibilité à l’échelle nationale, de renforcer les interactions avec d'autres réseaux métiers CNRS (Calcul, DevLOG, RIS, rBDD,...)  et de contribuer à la reconnaissance de la bioinformatique comme discipline transverse dans le paysage de la recherche française.

Si vous souhaitez rejoindre le réseau MERIT et être informé·e sur ses actions, quel que soit votre statut et votre employeur, inscrivez-vous à notre liste de diffusion.

Juste avant JOBIM, JeBiF a organisé son workshop annuel qui traitait cette année la question de la vulgarisation en bioinfo.

L’événement a débuté par une table ronde sur la vulgarisation scientifique, suivie de la création de 4 ateliers à destination du grand public :

Atelier 1 - Cibler une cellule cancéreuse : trouver un médicament efficace à travers un puzzle interactif.

Atelier 2 - Déconvolution de l’ARN : identifier les types cellulaires d’un patient sain versus malade.

Atelier 3 - Médecine personnalisée : déterminer le traitement optimal pour un patient en comparant ses caractéristiques à celles d’autres patients.

Atelier 4 - Métabarcoding pour “sauver” Némo : retrouver le microbiote de Némo à partir d’ADN environnemental.

Le GDR BIMMM propose ses journées thématiques tous les deux ans, autour d’une journée scientifique plénière transverse et de journées satellites organisées par les groupes de travail.

Nous avons le plaisir de vous convier aux prochaines journées du GDR, sur 5 jours, du lundi 24 au vendredi 28 novembre 2025. La dernière édition, en 2023 à Lille, avait pour focus l’apprentissage profond pour la bioinformatique.

Cette année, destination Nantes, ses machines, son château, ses rigolettes et bien sûr ses petits beurres ! Au programme : des journées des groupes de travail StatOmique (Statistique pour l’Analyse de Données Omiques), SeqBIM (Algorithmique pour l'Analyse de Séquences) et LEGO (Machine Learning pour la Génomique) autour de la journée plénière du mercredi dont le fil rouge sera Bioinformatique et enjeux environnementaux, quel rôle pour le GDR BIMMM ? avec de nombreux intervenants et intervenantes passionnants. Et bien sûr : des pauses cafés, des discussions à bâtons rompus, des retrouvailles avec d’anciens collègues et des rencontres avec de nouveaux.

Toutes les informations, le programme, le formulaire d'inscription et les détails de soumissions pour les différentes journées sont disponibles sur le site des journées

Attention, dernier délai pour s’inscrire : 24 octobre 2025 à minuit. Après, c’est trop tard !

Dès le premier jour, l'IFB a investi son nouveau stand, au côté de ceux de la SFBI et des JeBIF. Les participant·e·s ont pu y retrouver les équipes pour répondre à leurs demandes, et y découvrir les flyers de deux des projets portés par l’IFB : ABRomics, dédiée à la surveillance génomique de la résistance aux antibiotiques, et Galaxy France, l’instance nationale de la plateforme Galaxy Project.
Une démonstration en direct d’ABRomics, présentée par Amanda Dieuaide, a permis d’illustrer concrètement le chargement des données de séquençage de génomes bactériens, traitement de ces données par les différents pipelines d’analyse, et enfin l'exploration des résultats à travers les interfaces graphiques de la plateforme. Les futures fonctionnalités de la plateforme, actuellement en cours d’implémentation, ont également été présentées.

Une partie de la team IFB !

Par ailleurs, une présentation très attendue de Madbot (#MadobotByIFB) a fait salle comble, outil innovant développé par l’IFB-core (unité coordinatrice de l’IFB) pour faciliter la gestion et le partage des données et métadonnées associées. Il automatise l’organisation, la description et la soumission des données vers des dépôts comme Zenodo ou ENA (European Nucleotide Archive), tout en respectant les standards internationaux. Résultat : des données plus ouvertes et accessibles (principes FAIR) avec un processus de soumission des données simplifié !

Douze posters présentés par l’IFB-core en trois jours
JOBIM, c’est aussi l’occasion de valoriser ses travaux. Et cette année encore, l’IFB était au rendez-vous avec une belle représentation qui reflète la diversité et la complémentarité de nos activités.
Pour en savoir plus et voir notre vidéo “L’IFB/ELIXIR-FR à JOBIM”, rendez-vous sur notre site internet !

Les 3, 4 et 5 octobre, JeBiF animera des ateliers de bioinformatique à la Cité des Sciences autour du thème « Les intelligences », avec la question : « Les virus sont-ils intelligents ? ». Les enfants mèneront l’enquête en éliminant progressivement les virus, afin de trouver celui qui a infecté Piggy !

Quatre ateliers seront proposés :

• Les anticorps : l’intelligence de notre corps à se défendre
• Les virus : comment ils infectent une cellule
• Bioinformatique : identifier les virus grâce aux données de séquençage
• Intelligence artificielle : trouver un vaccin

Nous recherchons des bénévoles parisiens pour nous aider lors de ces ateliers !

Du 2 au 5 juin, l’équipe ELIXIR-FR était à Thessalonique (Grèce) pour participer au All Hands Meeting ELIXIR 2025, l’assemblée générale de l’infrastructure européenne ELIXIR. Cette 11e édition a rassemblé des représentants des différents nœuds ELIXIR, partenaires institutionnels et scientifiques. Le nœud français, fidèle au rendez-vous, était représenté par une équipe bien mobilisée, dont notre "Coordinators Triangle" accompagné de notre co-Head of Node, qui a pris part aux temps forts stratégiques. Quatre jours d’échanges, d’ateliers, de présentations et de rencontres pour faire le point sur les projets en cours… et imaginer ceux de demain.
La délégation ELIXIR France
Ateliers, mini-symposium, posters… de nombreuses contributions françaises
Parmi la délégation du nœud français présente, plusieurs ont pris la parole lors d’ateliers et de sessions thématiques très suivis, mais également lors des grands rendez-vous traditionnels que sont les sessions posters.
Pour retrouver tous les sujets et lire la suite de l'article, rendez-vous sur le site de l’IFB !

La fin de l'année approche et il vous reste des crédits ? Pourquoi ne pas prendre une adhésion de personne morale à la Société Française de Bioinformatique (SFBI) pour votre laboratoire/équipe de recherche/plateforme ? Le coût d’une adhésion morale est de 300 euros et nous acceptons les adhésions par anticipation pour 2026.

Mais quels sont les avantages d’une adhésion Personne morale ?
- tarif préférentiel pour l’inscription à JOBIM de 3 personnes physiques de l'équipe adhérente ;
- candidature aux bourses SFBI de tous les membres de l’équipe, sans adhésion à titre individuel ;
- mise en avant des équipes adhérentes sur le site web de la SFBI : https://www.sfbi.fr/soutiens ;
- mise en avant des équipes adhérentes dans l’annuaire des équipes en bioinformatique du site web SFBI : https://www.sfbi.fr/equipes/annuaire ;
- bientôt, une mise en avant sur le site web des offres d'emploi postées par les équipes adhérentes ;
- et surtout un soutien important à nos actions (bourses de voyage pour JOBIM, bourses de voyage pour les doctorants, prix jeunes scientifiques à JOBIM, soutien financier d’événements en bioinformatique, …).



Pour adhérer à la SFBI, c’est très simple, tout se fait en ligne maintenant, rendez-vous sur la page dédiée de notre site web : https://www.sfbi.fr/blog/article/adhesions.

Le 16 septembre, JeBiF a participé à une réunion rassemblant tous les Regional Student Groups (RSG) du Student Council de l’ISCB.

L’occasion idéale pour présenter l’association, ses projets en cours, et envisager de futures collaborations avec les jeunes bioinformaticien.es à l’international !

ELIXIR Europe, l'infrastructure européenne des sciences de la vie, a publié un document de position appelant les financeurs et les décideurs politiques européens à reconnaître le rôle essentiel des ressources de biodonnées ouvertes pour la compétitivité de l'Europe. Le document présente quatre déclarations politiques, chacune accompagnée de recommandations associées :
1. Les ressources de données ouvertes sont le fondement de l’innovation dans les sciences de la vie : l’Europe devrait investir dans les données ouvertes en tant que catalyseur essentiel de l’innovation.
2. Pour atteindre leur plein potentiel, les investissements dans l’IA doivent être ancrés dans une infrastructure de données durable.
3. Assurer la souveraineté de l'Europe en matière de données en investissant dans des ressources de données de premier plan, une main-d'œuvre qualifiée et des capacités nationales alignées sur l'infrastructure européenne.
4. L’Europe devrait jouer le rôle de leader mondial en matière de science ouverte, en soutenant la collaboration multilatérale et en défendant les avantages des données ouvertes.

Pour lire le position paper dans son intégralité, consultez la page dédiée sur le site ELIXIR Europe.

Comme chaque année, une partie du bureau de la SFBI a été renouvelée lors de l’assemblée générale qui s’est tenue pendant JOBIM2025, grâce au vote des adhérents. Le bureau pour cette nouvelle année 2025-2026 est légèrement modifié, avec le départ d’Erwan Corre que nous remercions pour son investissement durant ses deux mandats, et l’arrivée de Charles Lecellier à qui nous souhaitons la bienvenue. Le bureau est donc composé de 9 membres : Audrey Bihouée, Elodie Darbo, Sandra Dérozier, Anna-Sophie Fiston-Lavier, Cyril Noël, Delphine Potier, Charles Lecellier, Pierre Poulain et Marie-France Sagot.

Le bureau continue d’avoir le soutien de Julien Fumey pour la gestion du site web mais également la modération de la liste bioinfo avec Alexandra Louis et Laurent Mouchard.

Le prochain renouvellement du bureau aura lieu lors de JOBIM2026 à Strasbourg. Pour voter il suffit d'être adhérent·e à la SFBI. Et si vous souhaitez nous rejoindre, n’hésitez pas à prendre contact dès à présent avec le bureau actuel via notre adresse e-mail.

Pendant JOBIM, JeBiF et la SFBI ont proposé aux participant·es de rencontrer des professionnel·les de la bioinformatique et de découvrir leurs métiers lors des jobFAIRs !

Septembre

(C) 08-10 : [BC]² Basel Computational Biology Conference: Bioinformatics meets AI: shaping the future of data-driven biology, Basel, Suisse
(F) 08-12 : Software and Statistical Methods for Population Genomics (SSMPG) summer school, Aussois, France
(C) 10-12 : 23rd international conference on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2025, Lyon France
(C) 10-12 : CIBB 2025 - 20th International Conference of Computational Intelligence methods for Bioinformatics and Biostatistics, Milan, Italie
(F) 22-26 : Computational Systems Biology of Cancer 8th edition - Multimodal data analysis and network modelling to master cancer hallmarks, Paris, France
(F) 29/09 au 1/10 : WF4bioinfo 2025 - les langages de workflows pour des analyses bioinformatiques reproductibles, Paris, France

Octobre

(C) 05-10 : 5th Advanced Lecture Course on Computational Systems Biology (CompSysBio2025), Aussois, France
(W) 15-17 : Workshop on AI / ML for the analysis of single-cell spatial transcriptomics, Lyon, France

Novembre

(F) 16-21 : EBA3I niv1 à la station Biologique de Roscoff, France
(W) 19-21 : Workshop INSERM dédié à la biologie spatiale, Bordeaux, France
(F) 25 au 27 : ANF MERIT - "Workflow et reproductibilité" 2025 sur le campus CNRS de Villejuif, France
(C) 27-28 : EduBIM 2025: Vivant, algorithmes et démarches de projet, Nancy, France

Décembre

(W) 1-3 : Symposium FROGSDays 2025 sur le métabarcoding et la diversité microbienne), Toulouse, France
(F) 08-12 : 11th Winter School Algorithms in Structural Bioinformatics (AlgoSB): Structure modeling and design towards RNA-based therapeutics, Marseille, France
Tout au long de l'année
(F) 10 au 12 : AlphaFold et au-delà - Modélisation de la structure 3D des protéines avec des outils d’IA (AlphaFold & beyond: 3D Protein Structure Modeling with AI Tools) sur le campus de Paris-Saclay à Orsay, France

(F) IFB : lien vers les formations : https://www.france-bioinformatique.fr/formations/
(F) ELIXIR : lien vers les formations européennes : https://tess.elixir-europe.org/events
(F) SIB courses : lien vers les formations : https://www.sib.swiss/training/upcoming-training-courses