Bioinformations 25
Aux dernières nouvelles...
Retour sur un JOBIM 2020 exceptionnel, par la SFBI
JOBIM 2020, édition anniversaire des 20 ans, a été organisé depuis trois ans comme une grande fête, et un retour à Montpellier attendu pour la 3ème fois. Présentation théâtrale en fin de JOBIM2019, Corum réservé, tout était prêt pour un accueil festif.
Alors oui, il a été question d'annuler purement et simplement, car un changement de dates n'était pas possible. Le comité d'organisation (CO), d'un dynamisme à toute épreuve, a sondé la communauté pour voir si elle serait au rendez-vous pour une édition virtuelle. Si l'absence d'événement social ne faisait pas l'unanimité (JOBIM est connu pour son ambiance et le lieu de rendez-vous annuel de la communauté), il y avait une claire motivation pour un JOBIM 2020 virtuel.
On ne peut que féliciter le CO d'avoir organisé, en seulement quelques semaines, un événement d'une si grande ampleur (680 inscrits), sans filet. Le comité de programme a aussi assuré, pour passer les keynotes en virtuel, repousser les dates de soumission, et assurer un programme scientifique alléchant.
Alors résultat ?
Côté SFBI, on trouve que c'est un succès, beaucoup d'échanges sur les réseaux (Q&R, Chat, Slack, Twitter), des photos, une équipe technique de choc, respect des horaires, etc. La participation gratuite pour les adhérents SFBI était incitative. L'option virtuelle ouvre l'accès au plus grand nombre, y compris des personnes à l'étranger. Bien sûr, tout n'était pas parfait, les sessions posters étaient pour certaines un peu vides, là on se serait sûrement arrêté au hasard d'une ballade dans le hall. L'enquête de retour des participants pourra aiguiller vers des pistes d'amélioration, si une nouvelle édition devait se tenir en virtuel.
On vous donne rendez-vous en mai 2021 à Paris, pour un JOBIM en présentiel, avec repas, pauses-café et bien sûr de la bioinfo !
Exclusivité!
Sortie de la première Newsletter IFB
L’équipe de communication de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) a le plaisir d’annoncer la sortie de la Newsletter IFB qui fournira régulièrement des informations sur les activités nationales et internationales des plateformes de l'IFB et des équipes de recherche en bioinformatique impliquées dans les activités de l'IFB.
Bimestrielle à partir de septembre prochain, cette newsletter diffusera une information synthétique adressée à l’ensemble des communautés concernées par la bioinformatique (bioinformaticiens et biologistes).
Pour découvrir la première édition de la Newsletter et vous abonner à celles à venir, IFB Newsletter.
Divers
Après quelques mois d’absence, JeBiF est de retour !
Ces dernières semaines, JeBiF a mis ses activités entre parenthèses suite à la crise sanitaire. Nous avons décidé, avec beaucoup de tristesse, d’annuler nos événements récurrents jusqu’à un retour à la normale. Nous avons donc dit au revoir aux JeBiF Pubs, TOBi, Tables Rondes, événements de vulgarisation et au workshop JOBIM, dans l’attente du déconfinement…
Mais désormais, nous préparons activement notre retour ! Et si vous souhaitez nous aider, nous sommes à la recherche de bénévoles !
En effet, ce sera grâce à vous que les différents événements de JeBiF pourront se réaliser à la rentrée ! Nous recherchons des personnes motivées pour organiser de façon ponctuelle ou continue les JeBiF Pubs des différentes villes pour se retrouver dans un lieu informel, des Tables Rondes pour permettre à des étudiants d’échanger avec des professionnels de notre domaine, mais également pour réaliser d’autres projets, comme notre Workshop annuel @ JOBIM, la Fête de la Science ou encore le festival Pint of Science. Ou tout autre évènement que vous voudriez nous proposer !
Si vous souhaitez faire partie de l’aventure, n’hésitez surtout pas, contactez-nous !
J'ai lu
Bioinformatique française et Covid-19
L'émergence du virus SARS-Cov2 responsable de la maladie Covid-19 dans le monde a suscité de très nombreuses initiatives de la part de la communauté bioinformatique française.
On peut par exemple citer :
- un consortium français pluridisciplinaire de criblage virtuel de 1,5 milliard de molécules pouvant potentiellement inhiber le virus
- la mobilisation de toutes les unités et entités du département de biologie computationnelle de l'institut Pasteur
- la mise à disposition par l'IFB de ressources de calcul pour la recherche contre la Covid-19
- l'implication de chercheurs français dans le projet international en bioinformatique Covid disease map, pour la construction d'une carte d'intéractions virus-corps humain
C'est aussi en France qu'a été créé le programme phyML pour reconstruire la phylogénie des virus et leur chaîne de transmission, très utilisé dans le cadre de la Covid-19, ainsi qu'une modélisation de l'épidémie mondialement reconnue.
La communauté française a aussi cherché à vulgariser des sujets aussi complexes que l'assemblage de génomes de virus à partir de données de séquençage, à centraliser et formaliser les ressources ou encore à lister des liens utiles pour la recherche contre la Covid-19.
D'autres initiatives, scientifiques mais aussi sociales et matérielles, ont été entreprises par des membres de notre communauté. Au sein du bureau de la SFBI par exemple, on a ressorti les machines à coudre et fabriqué des dizaines de masques en tissus, donnés entre autres aux membres des Plans de Continuité d'Activité de nos instituts.
Aux dernières nouvelles...
Nos auteurs confinés ont du talent
Si en tant que bioinformaticien nous sommes beaucoup à avoir pu continuer nos jobs grâce au télétravail, nos auteurs ont tout de même profité du temps restant pour vous livrer de beaux articles ces derniers mois :
- On vous a présenté le remplaçant des diagrammes de Venn : les diagrammes UpSet. Grâce à eux, finis les recoupements de formes bizarroïdes sans proportionnalité
- La SFBI a fait un détour par le blog communautaire bioinfo-fr.net pour vous parler des fiches métier de bioinformaticien.ne
- Vous avez pu découvrir les dessous bioinformatiques du Nature communication sur la première carte de la diversité génétique des poissons publiée
- Ça s'est pas mal lâché pour le 1er avril. Preuve qu'on a de bons "papas" dans nos rangs ;-)
- Après un premier article sur l'aspect bioinfo du SARS-CoV2 (anciennement nCov-2019) début février, on a remis le couvert avec cette fois des liens qui pourraient aider ceux souhaitant participer à la lutte contre ce virus
- C'était la fête de la chromatine aussi : on a enchaîné coup sur coup un article sur la technique du 4C, suivi par un très bon article back to basics avec une définition des compartiments génomiques et leur détermination
- Enfin, "on a testé pour vous" la conception et le dépôt d'un package R sur Bioconductor. On en a donc profité pour vous en faire un tutoriel.
Si on espère voir l'épidémie se stopper, il n'en est rien pour les articles ! On espère bien vous régaler d'encore quelques-uns avant notre pause habituelle de l'été !
Divers
James Taylor (1979-2020)
C'est avec une immense tristesse que nous avons appris le décès de James Taylor, bioinformaticien américain créateur de la plateforme Galaxy, le 2 avril 2020, à l'âge de 40 ans.
James Taylor était un bioinformaticien talentueux et visionnaire, qui a compris très tôt l'importance et l'enjeu de la reproductibilité en sciences.
Malgré son talent et sa reconnaissance, à la fois comme chercheur mais aussi comme mentor qui souhaitait l'inclusion de tous, il était d'une grande modestie et estimait que <<les grandes idées n'étaient la propriété de personne, mais appartenaient à tous>>.
Même si son action continuera à travers le programme JTech pour la formation des jeunes bioinformaticiens, il laissera sans aucun doute un grand vide dans notre communauté.
À l'affiche...
L'été sera chaud ... l'été sera chaud !
Après des semaines de télétravail, vous souhaitez voir du pays ? Vous pouvez vous plannifier des conférences et diverses formations à travers le pays, voire sortir des frontières pour les événements maintenus (pensez à bien vérifier le maintien de ces événements sur leur site web) :
- Du 6 au 10 juillet, à Louvain en Belgique - Bioinformatics Summer School
- Du 5 au 12 septembre, sur l'île de Salina en Italie, MSCX 2020 - VII Mediterranean School of Complex Networks
- Du 7 au 9 septembre, à Pise en Italie, WABI - 20th Workshop on Algorithms in BIoinformatics
- Du 21 au 24 septembre, à Jouy-en-Josas, Formation "Métabarcoding 16S" - cycle "Bioinformatique par la pratique" 2020 de la plateforme MIGALE
- Du 22 au 25 septembre, à Marseille, EBM24, 24th Evolutionary Biology Meeting
- Du 23 au 25 septembre, à Constance, en Allemangne, CMSB 2020 - The 18th International Conference on Computational Methods in Systems Biology
- Du 1er au 3 octobre, à Istambul, en Turquie, 16th Integrative Bioinformatics symposium (satellite of 1st International Applied Bioinformatics Conference)
- Du 4 au 9 octobre à Roscoff, EBAII - 9ème école de bioinformatique AVIESAN - IFB - INSERM