Bioinformations 1

Présentation

Qu'est-ce que Bioinformations ?

Bioinformations est une initiative conjointe de la Société Française de Bioinformatique (SFBI), de l'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF) et du blog collaboratif francophone Bioinfo-Fr.net. Nous avons souhaité joindre nos forces et proposer aux membres de la communauté francophone des nouvelles de notre domaine de prédilection : la bioinformatique.

Bioinformations est donc une newsletter, un résumé trimestriel des actualités de la bioinformatique. Les rubriques habituelles sont les suivantes :

  • "À ne pas manquer" : signale des évènements et actions remarquables du monde de la bioinformatique ;
  • "J'ai lu" : donne une mise à jour des articles et ouvrages récemment discutés au sein de la communauté ;
  • "Formations & emplois" : indique des informations et retours d'expérience de formations ainsi que des pistes d'emploi en bioinformatique ;
  • "5 questions à..." : donne la parole à un membre de la communauté ;
  • "À l'affiche" : sélectionne les manifestations scientifiques des 3 prochains mois.

Étant donné que nous ne ferons figurer dans ces rubriques que des nouvelles, nous avons décidé de mentionner un certains nombre d'informations utiles ci-dessous :

  • pour vous renseigner sur votre formation, nous vous conseillons de consulter l’annuaire des formations de la SFBI ;
  • pour votre recherche d’emploi, la liste de diffusion bioinfo est la source d’information la plus centralisée et la plus fournie. La plupart des offres d’emploi en bioinformatique y sont diffusées. Vous pouvez également consulter la rubrique emploi du site internet de la SFBI qui rassemble l'ensemble des offres encore valides par catégorie ;
  • l’association des Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF) est également une ressource à considérer. JeBiF organise différents évènements :
    • la Journée JeBiF, un atelier en marge du congrès JOBIM. L’emploi en bioinformatique, que ce soit dans le privé ou le public, en France ou à l’étranger, y est un thème central ;
    • les réunions régulières : les Petits-déjeuners JeBiF (traitent d'un sujet particulier tel “Faire de la recherche à l'étranger”) et  les JeBiF Pubs (y sont évoqués tous types de sujets). Ces évènements sont un bon moyen de développer votre réseau.

Dans le cas (peu probable :) ) où vous ne seriez pas inscrit(e) à la liste de diffusion bioinfo, c'est l'occasion de le faire.

Nous serons ravi(e)s d'avoir vos commentaires et retours : n'hésitez pas à nous les faire parvenir ainsi qu'à nous pointer des informations pertinentes qui pourraient être sous notre radar.

L'équipe de rédaction

Aux dernières nouvelles...

ANR, Algorithms, ECCB, concours et Galaxy

C'est maintenant officiel : l’édition toulousaine de JOBIM est planifiée du lundi 1er juillet 2013, 14h, au jeudi 4 juillet, 13h. A vos agendas !

L'appel à projets 2013 des programmes "Blanc" et "Jeunes Chercheuses et Jeunes Chercheurs" de l’ANR est lancé (date butoir le 17 janvier) et les concours CNRS 2013 sont ouverts. Par ailleurs, un numéro spécial d’Algorithms, dédié à l’analyse et au stockage de séquences, est actuellement en préparation (date butoir de soumissions le 15 mars).

Pour cette première édition des Bioinformations, nous vous proposons une promenade de chromosome en chromosome qui vous permettra d’explorer des points clés de la génétique humaine. L'exposition virtuelle Chromosome Walk a été mise en place par l’Institut Suisse de Bioinformatique.

L’ECCB 2012 (European Conference on Computational Biology) s’est tenue en septembre 2012. Un retour sur certaines conférences et ateliers de l‘ECCB est proposé à celles et ceux qui n’ont pas eu la chance d’y participer (ou pour se rappeler de bons souvenirs). Entre autres, le poster d'Adem, contributeur de Bioinfo-fr.net ayant remporté le prix du meilleur poster, présentait comment faire de la réalité augmentée et l'appliquer au "poster du futur".

Nous vous invitons à participer au concours organisé par bioinfo-fr.net en partenariat avec NVIDIA. Une dizaine de lots à gagner sont disponibles pour les plus chanceux : 9 gagnants seront déterminés par tirage au sort sur les candidats ayant bien répondu aux 6 questions. Vous avez jusqu'au 21 décembre !

Concours Bioinfor-Fr.net avec NVidia

Enfin, nous souhaitons souligner la création d'une liste de diffusion Galaxy France (inscriptions ici) ayant pour but de servir et d’étendre la communauté française utilisant ce framework.

Formations/emplois

Trois formations à (re)découvrir

D'anciens étudiants de certaines formations en bioinformatique ont présenté les cursus et programmes qui les ont menés à la bioinformatique.

Un des Master les plus anciens en France est le Master Bioinformatique et Biostatistiques (BIBS) de l'université d'Orsay -- Paris XI. Une formation injustement méconnue a également trouvé une tribune : l'IUT "Génie Biologique, option Bioinformatique" d'Aurillac. Enfin, comme BioinfoFr.net est en partie initié par des étudiants du Master Bioinformatique de Bordeaux, celui-ci y a bien entendu trouvé sa place.

Par ailleurs, notez l'ouverture de la campagne 2013 du cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" organisé par la plate-forme MIGALE de Jouy-en-Josas et regroupant une douzaine de modules de formation.

Si vous souhaitez savoir comment vous tenir informé(e) des annonces d'emploi, vous pouvez suivre nos conseils.

 

J'ai lu

Des facteurs de transcription à la veille en bioinformatique

Pour un rapide résumé de certains articles de bioinformatique parus durant l’été, nous vous recommandons l’édition estivale du Journal Club. Si vous êtes embourbé(e) dans la recherche et identification de facteurs de transcription, nous pensons que ce petit protocole peut vous être utile.

Comme l’année universitaire a commencé et une bonne partie de nos lecteurs sont en contact fréquent avec des étudiants, ces deux livres peuvent vous intéresser : “Bioinformatique : Génomique et post-génomique” (2002) et “Bioinformatique : Principe d’utilisation des outils” (2010).

Enfin, la quantité de ressources disponibles en ligne peut être déstabilisante pour certains quand elle n’est pas totalement stressante : pour pouvoir dépasser l’inconvénient de cette jungle, nous vous recommandons cette petite astuce sur les façons d’organiser sa veille en bioinformatique.

5 questions à…

Jean-François Gibrat

Pour cette première édition des Bioinformations, nous vous proposons un entretien avec Jean-François Gibrat. Il nous parle d'une initiative ambitieuse et très intéressante, de grande envergure : l'Institut Français de Bioinformatique. Pour en connaître tous les secrets, c'est par là !

À l'affiche...

Cet hiver 2013 !

Dans les 3 prochains mois :

Retrouvez l'ensemble des manifestations de bioinformatique ici.