Le site Web de l’IFB et ses nouveaux services pour ses visiteurs

Le site Web  est notre principal canal de communication à l’IFB. Nous l’utilisons en interne entre IFB-core et ses 36 plateformes partenaires, mais aussi en externe. Les bioinformaticiens, les chercheurs en sciences de la vie, les partenaires actuels et futurs peuvent aussi y trouver des informations pertinentes.

Depuis février 2016, nous mettons en place de nouveaux outils permettant aux plateformes de partager et de diffuser plus facilement et plus largement leurs activités au sein de la communauté des sciences du vivant en France et en Europe.

 

Section "Formation à venir" : Cette nouvelle section permet à nos plateformes IFB d'héberger les pages de formations, de diffuser les informations sur la liste de la SFBI (*1) et de gérer les inscriptions. Le public peut s’inscrire à la formation choisie, et consulter d’autres évènements parrainés par l’IFB (hackathons, webinars etc..). Citons par exemple l’école de bioinformatique AVIESAN , Galaxy4Bioinformatics à Lyon et la Summer School in Metagenomics à Paris.

 

Section "Support des formations" : par son appartenance au projet européen Elixir (*2), l'IFB s'est engagé dans une procédure visant à référencer le matériel numérique des formations en bioinformatique. Les membres des plateformes IFB peuvent dorénavant téléverser leurs supports de formation ou fournir un lien vers un contenu existant. Les supports des cours doivent être en anglais. Les objectifs sont de permettre :

  1. à Elixir de lier les outils de la bioinformatique française avec d’autres pays européens via la plateforme TeSS ;
  2. à l’IFB d’avoir une vue panoramique des formations proposées par ses plateformes;
  3. à la communauté de façon générale d’accéder, sur un même site, à un catalogue des supports des formations en bioinformatique variés et très pertinents.

 

Outils pour la Visualisation de la Nomenclature EDAM.

Comme le nombre et la diversité des outils en bioinformatique augmente considérablement, il est devenu nécessaire d’établir un vocabulaire contrôlé pour aider les utilisateurs à rechercher, comparer, sélectionner et intégrer les objets entre eux.

Toujours dans le cadre d’Elixir, nous participons au développement d'une nomenclature entièrement dédiée à la bioinformatique, nommée EDAM (3* et 4*). Typiquement, dans la construction des « workflows », il est important que les outils soient toujours décrits à travers à un certain nombre de catégories. A l'heure actuelle, EDAM se construit autour de quatre grands concepts autour des outils bioinformatiques :

  1. Le domaine d'application (la structure des protéines, la génomique ou la métagénomique),

  2. les types des données (notablement séquences, arbres phylogénétiques, accession à Uniprot),

  3. l'opération entre les données d'entrée et de sortie (par exemple l'adhésion, la fonction enregistrement, la construction d'alignements ou docking) et

  4. les formats disponibles des données (comme BAM, FASTQ ou PDB).

  

Dans le site IFB, le portail rainbio  fournit une interface graphique pour interroger EDAM. C’est une approche intuitive, qui permet d’illustrer les relations entre les différents termes d'une ontologie assez complexe. Ce portail est là aussi pour aider à “tagger” les outils, les bases de données, les domaines de compétences, etc.. de nos plateformes.

 

Perspectives

Nous sommes en train d’ouvrir de nouveaux services ; nous disposerons bientôt d’une nouvelle plateforme d'enseignement électronique à distance (e-Learning) spécialisée dans les problématiques de bioinformatique et toujours dédiée à la communauté française. Nous travaillons actuellement aussi à un projet de journal pour la reproductibilité des analyses en bioinformatique. Dans ce journal, vous pourrez diffuser vos recherches avec le code étant exécuté en ligne.

Par conséquent, n'hésitez surtout pas à venir nous rendre visite sur www.france-bioinformatique.fr et nous suivre sur twitter @IFB_bioinfo.

 

Références

 

(*1) Liste de Diffusion Bioinfo http://listes.sfbi.fr/wws/info/bioinfo

(*2) ELIXIR https://www.elixir-europe.org/

(*3) EDAM, Ison J, Kalas M, Jonassen I, Bolser D, Uludag M, McWilliam H, et al. EDAM: an ontology of bioinformatics operations, types of data and identifiers, topics and formats. Bioinformatics. 2013;29: 1325–1332.

(*4) EDAM / Elixir registry : https://bio.tools/

 

 

Dominique Batista et Victoria Dominguez del Angel