Bioinformations 20

Présentation

Nouveau bureau de la SFBI

Comme chaque année, une partie du bureau de la SFBI a été renouvelée lors de l’AG qui s’est tenue à JOBIM, grâce au vote des adhérents. On vous dévoile donc le nouveau bureau :

Morgane Thomas-Chollier (ENS, Paris) poursuit la présidence avec Hélène Chiapello (INRA, Jouy-en-Josas) à la vice présidence. Morgane va poursuivre les actions comme REBIF. Hélène va également poursuivre ses actions pour épauler les organisateurs de JOBIM et en assurer la pérennité. Marc Deloger (Inserm U900 Institut Curie, Paris) poursuit la gestion de la trésorerie.

Virginie Bernard  (Institut Curie, Paris) co-écrit les bioinformations avec la SFBI et ses partenaires (JeBiF et les bioinfo-fr.net). Julien Fumey (Pasteur, Paris) a été ré-élu. Ancien président des JeBiF, il permet d’entretenir un lien privilégié entre les deux associations et va également s'investir sur le site web que nous vous montrerons bientôt. Samuel Mondy (INRA, Dijon) gère les bourses de voyage. Alexandra Louis (CNRS, IBENS, Paris), déjà modératrice de la liste de diffusion bioinfo, poursuit son travail de validation des comptes et emplois ainsi que l'insertion d'évènements et colloques. 

Bienvenue à Laurent Mouchard (Université de Rouen) et Sarah Djebali (INRA, Toulouse) qui vont contribuer aux actions de l'année, entre autre en s'investissant dans la mise à jour des équipes et dans les bioinformations.

Cette année, nous aurons à nouveau le soutien de Sophie Schbath pour la compilation des thèses et HDR.
 
Le prochain renouvellement du bureau aura lieu lors de JOBIM à Nantes. Pour voter il suffit d'être adhérent à la SFBI au 31 mai 2019.

Présentation

JeBiF renouvelle son Conseil d'Administration

Suite à son assemblée générale ordinaire du 3 juillet 2018, JeBiF a le plaisir de vous présenter son nouveau conseil d’administration :

  • Florence Jornod, Présidente

  • Victor Grenzinger, Vice Président

  • Slim El Khiari, Trésorier

  • Athénais Vaginay, Secrétaire

  • Xavier Bussel

  • Julien Fumey

Nous sommes à votre disposition pour toute question à l’adresse contact[@]jebif.fr =)

Technologies

canSnippet : vos codes simples et efficaces à partager

Teasé à JOBIM 2017, et présenté à JOBIM 2018, voici canSnippet !

Si vous ne connaissez pas les snippets, ce sont ces petits bouts de codes très utiles qu'on ne cesse d'utiliser, et qui finissent malheureusement par être recodés (en plus ou moins bien) quand on ne remet pas la main dessus.

Avec cette instance bioinfo-fr.net, nous souhaitons permettre le partage de ces snippets axés sur la bioinformatique. Nous esperons qu'à terme, avec la participation d'une communauté comme la notre, cette source de codes devienne une véritable boîte à outil pour les bioinformaticien(ne)s.

Exclusivité!

JOBIM 2018,JOBIM 2019

Vous n'avez pas pu participer à l'édition de JOBIM 2018 à Marseille? Session de rattrapage pour vous donner les informations que vous avez peut être loupées. Tout d'abord, une galerie photo vous permettra de vous mettre dans le bain. Une édition riche en présentations à laquelle 480 participants ont pu assister. L'assemblée générale de la SFBI a eu lieu le 5 juillet, nous vous en disons plus sur le bureau dans un autre article. 

Bravo au comité d'organisation et de programme pour ces belles journées appréciées de tous, en particulier à Anaïs Baudot (I2M), Christine Brun (TAGC) et Benoît Ballester (TAGC).

Reste une question...  vous ne savez pas où aura lieu JOBIM 2019? Nous serons accueillis à Nantes, 10 ans après la première édition de JOBIM dans cette belle ville. Vous pouvez dès aujourd'hui noter les dates dans votre calendrier : JOBIM 2019 aura lieu du 2 au 5 juillet.

Pour rester informé, suivez bien la liste de diffusion gérée par la SFBI ainsi que le site de JOBIM 2019

Formations/emplois

MetBIF et REBIF 2018

La SFBI a organisé une première journée de travail autour des métiers de la Bioinformatique (MetBIF) le 31 mai 2018, et co-organisé le 1er juin la 2eme édition de REBIF (Rencontre autour de l’Enseignement de la BioInformatique en France). Deux posters présentant ces actions ont été présentés à JOBIM 2018.
 
MetBIF
La SFBI a lancé début 2018 un groupe de travail afin de dresser un panorama des différents profils de métiers de la bioinformatique et des spécificités liées aux différents contextes dans lequel s’exercent leurs activités (public ou privé, domaines d’application, recherche ou service,...). Deux actions ont été menées : une enquête auprès de la communauté et une première journée de travail d’un groupe de 18 personnes représentatif de différents métiers et contextes professionnels en bioinformatique. Le groupe continue son action afin de produire une fiche métier générique décrivant le socle de compétences du bioinformaticien, et de finaliser l’analyse de l’enquête et diffuser les résultats. MetBIF 2018 a été organisée par Hélène Chiapello, Samuel Mondy et Morgane Thomas-Chollier. Soutien financier : SFBI, IFB et France Génomique.
 
REBIF
L'objectif est de réunir les acteurs de la formation diplômante en bioinformatique au niveau national afin de leur permettre d’échanger, d’appréhender le paysage actuel des formations et de leurs spécificités, et surtout d’établir un véritable réseau de formations. La 1ère édition avait eu lieu en mai 2016. Pour cette 2ème édition, 31 participants représentants 2 licences, 15 masters, 2 écoles d’ingénieur, 2 Diplomes Universitaires (DU) et le CNAM étaient présents, ce qui a permis d’établir une cartographie des formations avec des fiches formations harmonisées et détaillées pour faciliter l’orientation des étudiants. REBIF 2018 a été organisé par Stéphane Le Crom, Morgane Thomas-Chollier, Jacques van Helden, Soutien financier : SFBI et Institut Français de Bioinformatique.
 
 
 

Formations/emplois

BioInfuse v3

Pour la troisième année consécutive, l'association JeBiF a mis en place le − désormais fameux − concours BioInfuse. Pour rappel, ce concours donne l'opportunité aux vidéastes de la communauté bioinformatique francophone, aguerris ou non, de soumettre une vidéo vulgarisant un concept de bioinformatique.



Les résultats de ce concours ont été dévoilés à JOBIM2018, et les deux vidéos soumises étaient toutes deux de qualité !


Cependant, le jury, constitué du Prof. Lablouse (vidéaste scientifique), de Erwan Corre (Station de biologie marine de Roscoff) et de Patrick Fuchs (Maître de conférences, Université Paris 7), a désigné la vidéo réalisée par Éléonore Bellot et Augustin Deprez, ayant pour sujet l'évolution in silico. Vous pouvez visionner la vidéo lauréate sur le compte Dailymotion de JeBiF. Vous pouvez également y voir les vidéos des autres éditions, n’hésitez pas ! Et à l’année prochaine pour une nouvelle édition !

Aux dernières nouvelles...

Recrutement annuel de bioinfo-fr.net

En ce début d'année universitaire, nous avons plus que jamais besoin de vous. Oui, vous, chers lecteurs.trices : que vous soyez ingénieur.e, doctorant.e, étudiant.e, maître de conférence ou post-doc, etc. Vous avez tous, par votre expérience, quelque chose à raconter à la communauté concernant une technique de développement, une méthode d'analyse, un tutoriel à recommander, un avis sur une lecture ou que sais-je encore !

Venez nous partager cela avec nous en devenant contributeur (un article quand ça vous dit), voir auteur (1 à 2 articles par an) sur le blog bioinfo-fr.net !

On est tous un peu timide au début, mais vous verrez que vous en savez plus que vous ne le pensez. Alors envoyez un mail à admin(AT)bioinfo-fr(DOT)net et nous nous ferons un plaisir de vous inviter dans notre équipe.

Encore hésitant ou des questions à poser avant de se lancer ? Communiquez avec nous à l'adresse précédemment indiquée, ou bien passez faire coucou sur l'IRC #bioinfo-fr du blog (freenode).

Formations/emplois

JeBiF était à JOBIM

Les 2 et 3 juillet dernier JeBiF vous avait donné rendez-vous pour son workshop annuel en marge de JOBIM.



Pour cette 10e édition, en dehors de la présence de 3 de nos anciens présidents, nous avons eu la joie de recevoir Alessandra Carbone lors d’une Keynote intitulée “Learning about protein-protein interactions at a residue resolution”. La fin de journée s’est terminée convivialement dans un bar à tapas.

 

Le lendemain, après une assemblée générale éclair, nous avons eu la joie, grâce à Maxime Garcia, Pascal Hingamp, Karyn Megy et Jacques van Helden, de discuter autour d’une table ronde à propos des enjeux de la gestion des données et de la reproductibilité en bioinformatique. Cette table ronde clôtura notre workshop pour cette année.



Le 4 Juillet au soir a également été l’occasion de fêter les dix ans de l’association. Nous avons eu le plaisir de recevoir la batucada Mulêketú qui a animé merveilleusement le début de soirée. Merci encore à Ewen Corre d’avoir organisé tout ça ! La soirée s’est terminée sur des bougies, quoi de mieux pour fêter un anniversaire?



Nous vous attendons l’an prochain, sans bougies cette fois, mais avec plaisir quand même ;)

À l'affiche...

Au programme cet automne

Des conférences variées vous sont proposées à l’automne :

  • Le 4 octobre, la journée Paris Single Cell organisée par le GDR GE

  • Le 5 octobre, à Liège en Belgique, la conférence byteMAL2018 dédiée à la rencontre de jeunes chercheurs en bioinformatique

  • Du 18 au 19 octobre, à Genève en Suisse, la conférence ICCMg  sur la métagénomique clinique

  • Du 22 au 24 octobre, à Genoa en Italie, la conférence NETTAB 2018 sur la conception d’environnements bioinformatiques de qualité

  • Du 27 au 31 ocotbre, à Marrakech au Maroc, la conférence META sur les métaheuristiques et leurs applications

  • Du 28 octobre au 1er novembre, à Lyon, la conférence ICSB, conférence majeure en Biologie des Systèmes

  • Du 15 au 18 novembre, à Thessalonica en Grèce, le "JOBIM grec"

  • Du 19 au 20 novembre, à Rouen, les journées SeqBio annuelles du groupe de travail COMATEGE (Combinatoire des mots, algorithmique du texte et du génome)

  • Du 20 au 21 novembre, à Hanovre en Allemagne, la conférence internationale DILS 2018 sur l’intégration de données en biologie

  • Du 6 au 7 décembre, à Munich en Allemagne, les journées européennes Bioconductor

 

Formations/emplois

JeBiF fête la science

Cette année encore JeBiF a le plaisir d’élaborer et d’animer un atelier sur la bioinformatique lors des Fêtes de la Science 2018.

Si vous voulez savoir ce qui rend Nounours, notre mascotte, malade, rendez-vous à la Cité des sciences les 5, 6 et 7 octobre ainsi qu’à Jussieu les 12, 13 et 14. Attention les vendredi sont des journées dédiées aux scolaires.



A la manière d’un cluedo, les enfants (et les plus grands !) devront enquêter sur la bactérie incriminée et élucider pourquoi elle résiste aux antibiotiques habituels. Cela nous permettra d’aborder les notions de métagénomiques, de bases de données, d’alignement local, et de prédiction de conformation in silico de manière ludique.



Si vous souhaitez nous aider à l’animation n’hésitez pas à nous envoyer un mail : contact[@]jebif.fr