Bioinformations 18

Aux dernières nouvelles...

La Fête de la science

Cette année JeBiF a renouvelé l'aventure Fête de la Science avec pour objectif de promouvoir la bioinformatique auprès du jeune et moins jeune public. Vous nous avez d'ailleurs peut-être croisé.e.s à l'Université Pierre et Marie Curie les 13, 14 et 15 octobre derniers.
 
Nous y avons présenté les métiers de la bioinformatique à travers les mêmes ateliers que l'an dernier sur l'assemblage et la taille des génomes, ainsi que sur l'évolution et la phylogénie des pokémons. Nous avons également ajouté un atelier ludique sur la structure des protéines pour les classes élémentaires.
 
Vous pouvez déjà retrouver certains de nos ateliers sur notre site web dans la partie vulgarisation, les autres ateliers arrivant sous peu.

L'association JeBiF espère pouvoir recommencer l'expérience en 2018. Si vous avez des idées d'atelier ou si vous souhaitez vous lancer dans l'animation d'atelier de vulgarisation, n'hésitez pas à nous envoyer un mail ou nous rejoindre sur notre chan IRC !

Exclusivité!

L’hydre à trois têtes

L’hydre à trois têtes, telle que nommée par Hélène Touzet (coordinatrice GDR BIM) lors du dernier Jobim, reflète la triple coordination de la bioinformatique en France:
 - La Société Française de Bioinformatique (SFBI) est une société savante vitrine de la recherche et de la formation en Bioinformatique en France. Elle a vocation à rassembler les chercheurs, enseignants et ingénieurs qui travaillent sur des questions relevant de la bioinformatique, pour des rencontres et des échanges scientifiques, et plus généralement à maintenir un réseau actif entre bioinformaticiens.
- Le Groupement de Recherche 3003 Bioinformatique Moléculaire (GDR Bim) est un GDR d’animation de l’INS2I (CNRS). Son champ scientifique couvre l’ensemble des approches informatiques et mathématiques pour le traitement de l’information liée aux molécules biologiques. Il regroupe 1200 chercheurs au niveau national et fonctionne avec l’animation de groupes de travail, de journées scientifiques et le soutien à des écoles thématiques.
- L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale de service en bioinformatique qui rassemble une trentaine de plateformes régionales. L’IFB a pour mission principale de fournir des services de base en bioinformatique aux chercheurs et ingénieurs des sciences du vivant. C'est le nœud français de l’infrastructure de recherche européenne d’ELIXIR.


Le GDR Bim, l’IFB et la SFBI travaillent main dans la main, en particulier pour l’organisation de la conférence nationale annuelle JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, Mathématique).

A partir de cette édition, le GDR Bim rejoint les Bioinformations, afin de vous tenir au courant de leurs activités. 

Présentation

Les journées du GDR Bioinformatique Moléculaire (GDR BiM)

Le GDR Bioinformatique Moléculaire organise ses journées biannuelles les 14 et 15 novembre prochains à Paris, à l'Institut Henri Poincaré (IHP).  Au programme, les projets en cours et à venir du GDR ainsi que toute son actualité scientifique.
Nous aurons des exposés proposés par les différents groupes de travail du GDR:

  • Seqbio (analyse de séquences),
  • Alphy (phylogénie, évolution),
  • GTGC (génomique comparative),
  • BIOSS (biologie des systèmes symbolique),
  • Statomique (statistique pour l'analyse de données omiques),
  • MASIM (bioinformatique structurale).

Nous aurons également le plaisir d'accueillir deux orateurs invités: David Bikard (Institut Pasteur) sur le système CRISPR/Cas 9 en biologie de synthèse et Stéphane Canu (LITIS) sur l'apprentissage profond.

 

Retrouvez toutes les informations pratiques.

Formations/emplois

Tables Rondes de Bioinformatique

Cette rentrée encore, JeBiF a mis en place des rencontres au sein de plusieurs universités entre étudiants de Master et professionnels de la bioinformatique.
 
3 Tables Rondes ont déjà eu lieu, et une est organisée prochainement :
- en Octobre à Paris 7 avec Evelyne Duvernois et Romy Chen-Min-Tao
- en Octobre à Paris 11 avec Coline Billerey, Frédéric Lemoine, Alban Ott et Bastien Rance
- en Novembre à Paris 6 avec Amine Ghozlane et Cyprien Guérin
 
Une est organisée prochainement :
- début Décembre à l'université Clermont Auvergne
 
Ces événements sont l'occasion pour les étudiants de discuter de leur avenir autour d'un goûter, de questionner sur l'insertion professionnelle et les carrières possibles, et d'être conseillés dans leur recherche de stage.
 
Ainsi, nous espérons pérenniser cette action qui chaque année prend un peu plus d'ampleur et vous voir participer aux prochaines tables rondes ! 

À l'affiche...

Adhésions SFBI: merci de nous soutenir !

Cette année 2017, trois laboratoires ou entreprises ont franchi le pas de devenir adhérent personne morale à la SFBI. Un tout grand merci à OmicX, ImMunoGeneTics et la Plateforme génomique de l’IBENS pour ce coup d’élan.

Pour 2018, ce n’est pas moins de 13 adhésions déjà prises ! Merci à BIOGEMMA, GENOSCOPE (Aury), I2BC/BIM, PRABI/LBTI/IBCP, Master Rouen, U1064, UMR3528, UMR3244, LBMC/ENS_LYON, U900, IBENS, PRABI et GENOSCOPE (Medigue)

La fin de l'année approche et il vous reste peut-être des crédits ? Au lieu de commander un énième disque dur, pourquoi ne pas prendre une adhésion de personne morale à la SFBI pour votre laboratoire ?

Coût : 300 euros. 

Avantages : 
- 3 personnes physiques adhérentes, 
- le nom/logo de votre laboratoire sur notre site web parmi les soutiens
- et surtout un soutien important à nos actions (bourses de voyage pour Jobim, bourses de voyage doctorants, prix jeunes scientifiques à Jobim) et pour 2018 l’organisation d’une nouvelle édition de REBIF (Rencontre autour de l'Enseignement de la BioInformatique en France) et d’une journée dédiée aux métiers de la bioinformatique.

En pratique : contacter par e-mail notre trésorier Marc Deloger (marc.deloger@curie.fr) en lui précisant le nom des trois personnes physiques qui bénéficieront de l’adhésion.

Et merci bien sûr aux 292 adhérents 2017 !  
Nous vous rappelons que votre adhésion prendra fin au 31 décembre 2017, n’hésitez pas à renouveler votre adhésion dès janvier!

J'ai lu

Lectures de fin d'année

2017 s'apprête à tirer sa révérence. Il serait dommage d'avoir loupé les billets ci-dessous. Chauffez vos yeux, cramponnez-vous à votre siège et astiquez vos verres de lunettes (ou votre écran), c'est parti !

Le LaTeX reste un "must know", il s'avère très utile pour rédiger vos rapports et les mettre en page relativement facilement. Il suffit juste d'avoir les bonnes explications et un peu de temps pour les mettre en pratique. La courbe d'apprentissage peut paraître impressionnante, mais nul doute que le temps pris à agréger ces nouvelles connaissances sera cent fois regagné par la suite lorsque vos "patrons" LaTeX seront en place.
On commencera donc par la mise en forme générale du document et des paragraphes le composant. Ce très bon didacticiel vous guidera étape par étape, n'hésitez plus, foncez découvrir ça !
Une fois les bases posées, on pourra décider d'utiliser le LaTeX pour une de ses grandes forces : les mathématiques ! A la lecture de ce billet, vous aurez tout ce qu'il faut pour introduire une belle équation et épater votre lectorat.
 

Bon, le LaTeX c'est sympa mais ça va bien un moment ! Et si on allait maintenant s'amuser avec une base de données en ligne ? Allez, c'est parti pour un plongeon dans les méandres de KEGG via son API, tout y est décrit sur ce billet. Pour les plus anxieux, pas de panique un gilet de sauvetage est disponible en bas de l'article :]

Et enfin pour bien finir l'année, quoi de mieux que d'apprendre quelque chose de nouveau ? 2017 se terminera donc sur la notion "d'élément répétés". Une immersion au sein d'un certain genre de séquences d'ADN qui n'auront donc plus de secrets pour vous !

Très bonne lecture à tous et à l'année prochaine !

À l'affiche...

Cet hiver 2017 ...

Vous pensiez rester bien au chaud pour les mois à venir ? Ces conférences pourraient vous donner envie de sortir, en France, ou à l'étranger !

Bons échanges à toutes les personnes qui y participeront ! Et pour plus d'informations sur les conférences qui seront au programme en 2018, tout est répertorié sur votre site