Bioinformations 17

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BioInfuse 2017

La deuxième édition du concours BioInfuse organisée par JeBiF et sponsorisée par Bioaster s’est achevée le 3 juillet lors de JOBIM 2017. Trois vidéos ont été soumises cette année et ont été jugées par un jury composé de Magali Michaut (University of Copenhagen), Patrick Laurenti (Université Paris Diderot) et Dr. Nozman (vidéaste scientifique). C’est la vidéo “Les réseaux sociaux de protéines” traitant des réseaux et interactions protéiques et réalisée par l’équipe “Boulègue la bioinfo” qui est sortie gagnante. Les participants vainqueurs se sont vus récompensés d’un trophée avec le logo de BioInfuse et d’un bon de 400 euros pour du matériel numérique.

Nous tenons à remercier Nolwenn Lavielle, le jury, notre sponsor Bioaster et tous les participants grâce à qui cette deuxième édition a été (de nouveau !) un succès. 
 

Pour en savoir plus sur le concours BioInfuse et voir les vidéos soumises lors des deux premières éditions, rendez-vous sur notre site.

 

À l'année prochaine pour une nouvelle édition de BioInfuse !

Exclusivité!

JOBIM 2018 du 3 au 6 juillet 2018 à Marseille

Vous le savez peut être déjà si vous étiez à JOBIM à Lille, la prochaine édition de votre conférence favorite aura lieu à Marseille, au palais du Pharo. A noter dans vos agendas dès aujourd'hui pour ne pas oublier, JOBIM aura lieu du mardi 3 au vendredi 6 juillet 2018. Vous trouverez toutes les informations sur le site officiel qui est déjà bien avancé. Bravo Marseille!

Aux dernières nouvelles...

Retour sur les TAPS de JeBiF

En mai dernier JeBiF s’est rendu dans une école primaire de la région parisienne, afin d'animer des ateliers autour de l'informatique dans le cadre des TAPS (Temps d'Activités Périscolaires) pour des enfants du CP au CM2 (5 ans à 10 ans).
 
Les élèves ont tout d’abord eu un aperçu de l’histoire de l’informatique et ont pu découvrir les composants d’un ordinateur. Puis ils ont été initié au “cryptage” après qu’une rapide approche d'internet leur ait fait comprendre qu’il est nécessaire de faire attention à leurs données, et parfois même de les crypter. On leur a ensuite montré comment écrire les chiffres en binaire, et qu’on pouvait ainsi se transmettre des informations : même une image ! Enfin, nous les avons initiés à la programmation en abordant les notions de langage informatique (instructions, boucles, conditions).
 
Afin de nous guider dans la préparation de cette initiation, nous nous sommes inspirés d’ateliers de la fondation La main à la pâte et son guide “1,2,3… codez !”, et nous avons reçu les précieux conseils du labex DigiCosme - Paris-Saclay qui initie également des élèves d’école primaire à l’informatique.
 
Si vous souhaitez en savoir plus, n’hésitez pas à vous rendre sur notre site internet, d’ici septembre l’intégralité des séances, avec photos, seront disponibles ! https://jebif.fr/fr/vulgarisation/activites-periscolaires/

Formations/emplois

La reproductibilité, et si on apprenait à la connaître un peu plus ?

On en entend de plus en plus parler et c'est tant mieux ! La reproductibilité est bon pour la science, mangez-en tant que vous pouvez !

Un des outils qui peut aider à reproduire des expériences bioinfo, c'est Conda. Vous connaissez déjà ? Oui ? Non ? Dans les deux cas on vous parie que vous allez apprendre au moins un truc sur cette petite bête en allant lire ce doux billet !

Quoi ? Comment ça il n'y en a que pour les pythonistas ?!!! Mais non ! Restez là ! Vous faites du R ? Pas de problème, il y a Packrat. Un petit animal tout mignon mais aussi un compagnon extra pour pouvoir rejouer ses scripts R facilement ! A découvrir de toute urgence ici !

Mais...et la virtualisation ça vous parle au fait ? On n'a même pas parlé des basiques ! C'est quand même de plus en plus présent et c'est vraiment un des piliers de la reproductibilité ! Allez, vite, il faut aller lire cet article sur le sujet, plus d'excuses !

Et pour finir, que serait la reproductibilité sans collaboration ? La communication est essentielle dans nos métiers, alors pourquoi ne pas commencer par exemple par apprendre à créer un document en LaTeX à plusieurs...en même temps ! Allez, on en a déjà trop dit : c'est ici que ça se passe.

Le mot de la fin : des bons résultats c'est bien, pouvoir les reproduire facilement n'importe quand c'est encore mieux !

Formations/emplois

Un an et demi de TOBi : petit bilan

Les Tables Ouvertes Bioinfos (TOBi) soufflent avec un peu de retard leur un an et demi déjà. 
C'est en effet en Janvier 2016 qu'elles ont fait leur apparition à Paris. Le concept découle de celui des JeBiF Pubs, qui est de rassembler la communauté bioinformatique d'une ville autour d'un verre (ou de plusieurs, et avec modération) dans un bar. Pour les TOBi, un·e invité·e, travaillant dans le domaine de la bioinformatique, vient se joindre à ce rassemblement ; ce qui permet une discussion autour de son parcours, ses travaux, de la bioinformatique, etc.
 
Au rythme d'une rencontre chaque mois (tous les deuxièmes jeudis du mois), près de vingt invité·es se sont déjà prêté·es au jeu et plus de 550 participant·es sont venu·es prendre part aux discussions en 2016 et 2017. La liste complète des invité·es est consultable sur le site de l'association JeBiF (https://jebif.fr/fr/evenements/tobi-tables-ouvertes-en-bioinfo/). Certaines de ces rencontres ont également été retranscrites sur le blog bioinfo-fr.net pour permettre le partage de ces expériences professionnelles au plus grand nombre. D'autres retranscriptions seront bientôt disponibles, mais nous avons un peu de retard !
 
Fortes de leur succès, les TOBi inspirent d’autres villes françaises qui amorcent des démarches pour les faire fleurir chez elles ou qui en déjà commencé à en accueillir, comme Lyon !
 
De plus, nous encourageons continuellement la mise en place de nouveaux JeBiF Pubs, alors si vous avez envie d’un JeBiF Pub dans votre ville, contactez-nous ! contact at jebif point fr.
 
Nous vous encourageons également à venir à nos prochaines rencontres, ouvertes à tou·te·s (et pas seulement aux "jeunes"). Rendez-vous en septembre !

 

Exclusivité!

Le bureau 2017-2018 de la SFBI

Comme chaque année, un tiers du bureau de la SFBI a été renouvelé lors de l’AG qui s’est tenue à JOBIM à Lille, grâce au vote des adhérents. On vous dévoile donc le nouveau bureau :

Morgane Thomas-Chollier (ENS, Paris) a été ré-elue et poursuit la présidence, avec Virginie Bernard  (Institut Curie, Paris) à la vice-présidence. Marc Deloger (Inserm U900 Institut Curie, Paris) gère la trésorerie. C'est donc avec Marc que vous interagirez pour votre adhésion, ou pour le versement des bourses de voyage, bourses doctorants, prix à JOBIM. Hélène Chiapello (INRA, Toulouse) a été re-élue et poursuit ses actions pour épauler les organisateurs de JOBIM et en assurer la pérennité. Valentin Guignon (Bioversity International, Montpellier) poursuit pour sa dernière année son travail de webmaster. Julien Fumey (CNRS, Gif-sur-Yvette), ancien président des JeBiF permet d’entretenir un lien privilégié entre les deux associations. Samuel Mondy (INRA, Dijon) gère les bourses de voyage. Marie Chabbert (Université d’Angers) s’occupe de répertorier la liste des conférences et événements intéressants pour la communauté. 
Bienvenue à Alexandra Louis (CNRS, IBENS, Paris), déjà modératrice de la liste de diffusion bioinfo (puis de la liste emplois) depuis 10 ans, qui va participer à la gestion des prix SFBI et compléter ce nouveau bureau.

Cette année, nous aurons aussi le soutien de Sophie Schbath pour la compilation des thèses et HDR, de Yannick Boursin (Gustave Roussy) pour la gestion du serveur Web et de Dominique Batista (IFB) pour la mise en place du nouveau site Web.
 
Le prochain renouvellement du bureau aura lieu lors de JOBIM à Marseille. Pour voter il suffit d'être adhérent à la SFBI au 31 mai 2018.

Exclusivité!

Le bureau 2017-2018 de JeBiF

À l'occasion de JOBIM2017, l'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (RSG France - JeBiF) a tenu son Assemblée Générale annuelle, l'occasion de renouveler le Conseil d'Administration. Et cette année fût une année particulière avec le départ de Julien Fumey de la présidence après plus de 2 ans et demi de bons et loyaux services.

Le nouveau bureau de l'association est composé de :

  • Florence Jornod, Présidente
  • June Benvegnu-Sallou, Vice-Présidente
  • Stéphanie Chevalier, Vice-Présidente
  • Gwenaëlle Lemoine, Trésorière
  • Athénaïs Vaginay, Secrétaire

Pour connaître la composition complète du nouveau Conseil d'Administration, rendez-vous sur le site de l'association.

 

Présentation

Pot pourris de lecture estivale

L'été sera chaud, l'été sera beau !

Et si on commencait par vous expliquer comment représenter vos belles ACP avec de belles couleurs à l'aide de R et de ggplot2 ? C'est par ici.

D'habitude en été on regarde les cartes avant d'aller en rando, mais là on va vous proposer d'apprendre à faire une sorte de carte : les cartes QTL. Késako ? Une sombre histoire de lapins, mais bon, le mieux c'est d'aller voir... :)

Au fait, le NCBI vous connaissez non? Forcément, une référence dans notre domaine. Mais est-ce que c'est parce qu'on est une référence qu'il faut dénigrer le coté esthétique ? Nous on pense que non, et un jeune étudiant en bioinfo est du même avis que nous. Il a d'ailleurs décidé d'essayer d'embellir les services du NCBI, foncez découvrir son travail (il le mérite) !

Et que diriez vous d'habiller un peu votre terminal ? C'est toujours plus sympa d'avoir un outil du quotidien un peu plus joli non ? On vous propose donc de découvrir les joies de zsh, c'est par là.

Allez, et on ne peut pas vous laisser comme ça. Après la cartographie QTL voici la carte de contact chromosomique, vous en avez déjà vu ? Et est-ce que vous en avez déjà créé une ? Non !? Mais malheureux ! Allez vite nous réparer ça, toutes les indications pour y arriver se trouvent ici.

À l'affiche...

Cet été 2017...

Chacun pourra trouver son bonheur parmi les séminaires et conférences à venir
 
 
De quoi voyages pendant les mois à venir!
 
Pour plus d'informations visitez la liste des événements sur le site de la SFBI !

5 questions à…

Questions à... Marie Beurton-Aimar et Jean-Marc Victor

L'été est là, vous voilà confortablement installé(e) au bord de la piscine/mer/rivière. Quoi de mieux que d'aller découvrir une tranche de vie d'un ou une bioinformaticien(ne) ? Eh bien... deux interviews !
C'est en effet deux interviews pour le prix d'une que vous aller pouvoir dévorer dans quelques instants !

Honneur aux dames : on commence avec un retour sur le parcours de Marie Beurton-Aimar, informaticienne et co-responsable du master de Bioinformatique bordelais. Un parcours atypique, un point de vue d'informaticienne sur la bioinfo et un bon moment de rigolade partagé et retranscrit pour vous.

Vous êtes encore là ? Super ! Allez, profitez-en tant que vous êtes encore chaud : c'est Jean-Marc Victor qui se livre à vous. Il est actuellement directeur de recherche CNRS et responsable du GdR ADN, mais surtout il n'est pas bioinformaticien ! Eh non, c'est un physicien. Alors qu'est-ce qu'il vient faire là ? A vous de le découvrir en allant dévorer son interview !

Bonne lecture ! On fonce essayer d'interviewer Rihanna pour la prochaine édition car, elle non plus, elle n'est pas bioinformaticienne ;)