Bioinformations 16

Aux dernières nouvelles...

JeBiF se lance dans les TAP

Les TAP sont les Temps d'Activités Périscolaire, les nouveaux temps réservés aux activités périscolaire pour les élèves de maternelle et élémentaire.
 
Il a été proposé à l'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (RSG France - JeBiF) d'animer quelques ateliers dans ce cadre.
 
Ces ateliers de 45 minutes auront pour public deux groupes : un composé de 17 enfants de CP/CE1/CE2 et un autre composé de 14 enfants de CM1/CM2. Il nous est proposé de faire des séries de 5-6 ateliers, entre les vacances de Pâques et les vacances de Juillet.
 
Nous avons plusieurs pistes pour remplir ces ateliers et faire découvrir l'informatique et la bioinformatique aux plus jeunes.
 
La première serait de « recycler » nos ateliers de la Fête de la Science 2016, en les refaisant devant les élèves, tout en les étoffant éventuellement un peu : par exemple pour l'atelier sur les Pokémon, les faire effectivement travailler sur les données et les arbres phylogénétiques.
Nous pourrions également continuer d'utiliser nos ateliers sur l'assemblage de génomes et la taille des génomes, ainsi que celui sur l'utilisation et la programmation du robot Sphéro (petite sphère motorisée permettant d'apprendre à programmer!).
 
La seconde serait de monter une série d'ateliers sur le thème de la programmation en utilisant Scratch (https://scratch.mit.edu/). Après un début de séance consacrée à l'apprentissage des notions de bases de la programmation, nous aurions un programme différent selon le groupe de niveau.
Pour les plus jeunes, nous nous orienterions vers des « histoires dont vous êtes le héros », des sortes de « dessins animés » qui permettent de comprendre en jouant sur les concepts de boucles, de fonctions et de tests.
Pour les plus âgés, nous nous orienterions vers la création de mini-jeux qui permettent de voir les structures de contrôle, les fonctions, les variables, les listes, les nombres aléatoires, et les tests. Des exemples de jeux que nous pourrions proposer de faire sont disponibles ici.
 
Qu'en pensez-vous ? Nous sommes preneur d'avis ou de retour d'expérience. Venez nous le dire sur le chan #jebif sur freenode ou envoyez-nous un email ! contact at jebif point fr.
 
Vous avez des idées de jeux à algorithmique simple :) ?Nous sommes preneurs d'avis ou de retours d'expérience.
Merci d'avance de votre participation !

Divers

Petites annonces de la SFBI !

La SFBI aussi... passe des petites annonces ! En voilà deux, rien que pour vous ! 
 
Cette année, la SFBI va à nouveau financer des bourses de voyage. Et... en paraphrasant une célèbre marque, 100% des lauréats ont tenté leur chance ! N'hésitez donc pas à candidater tout au long de l'année, les bourses étant attribuées tant que le montant annuel le permet. 
 
 
Le bureau de la SFBI, comme tous les ans, va en partie se renouveler . Le webmaster du site de la SFBI, Valentin Guignon, reste à nos côtés jusqu'à cet été. Dès aujourd'hui, nous recherchons donc un « nouveau Valentin », un bénévole avec des compétences en administration système, intéressé par la participation au maintien et à l'amélioration du serveur de la SFBI. Une présentation et prise en main du système existant se fera sur quelques mois, avec Valentin. Si vous avez quelques heures par mois de disponibles et êtes intéressés pour contribuer à la communauté bioinformatique en tant que webmaster, contactez Valentin à guignonv at yahoo.fr.
N'hésitez pas à nous écrire pour plus de renseignements concernant ce poste.

Formations/emplois

Les étudiants prennent les rênes !!

Les étudiants de plusieurs Masters de bioinformatique ont été à la tête de l'organisation de différents événements autour de la bioinformatique qui se sont déroulés dans les villes de Rennes, Bordeaux et Montpellier. 
 
A cette occasion, chaque comité d'organisation nous a proposé un résumé de leur journée. Grâce à nos amis du blog bioinfo-fr.net, depuis le 2 mars sur leur site, vous pouvez en savoir davantage avec le retour complet des différents organisateurs sur comment se sont déroulés ces événements !
 
Ainsi, la 3ème édition du BIG-Day s'est déroulée à Rennes le 18 novembre dernier grâce aux étudiants de M1 et M2 de l'association E-BIGO (Étudiants en Bio-Informatique Grand Ouest). Les étudiants de l'association AMBB (Association du Master Bio-informatique de Bordeaux) ont, eux, organisé le 8 décembre 2016 la première édition d'un colloque bioinformatique bordelais. Et enfin, la 5ème édition des Montpellier Omics Days (MOD), qui a eu lieu les 6 et 7 février 2017, a été élaborée par les étudiants de M2 du parcours «Bioinformatique, Connaissances, Données» (BCD) du Master Sciences et Numérique pour la Santé (SNS) accompagnés des étudiants de M1 du Master Statistique pour les Sciences de la Vie (SSV).

Divers

Réseaux, workflow, visualisation et bien plus encore à l'intérieur !

C'est un printemps riche en découvertes que nous vous proposons ! De quoi occuper vos longues soirées.

On commence au pays des workflow avec un cousin de snakemake, j'ai nommé Nextflow. Vous découvrirez entre autre dans l'article un retour d'expérience en bioinfo comme on les aime.

On enchaine avec la visualisation ! Et on va commencer par de la visualisation de réseaux. Parce qu'on en parle souvent, mais savez-vous vraiment quel(s) outil(s) utiliser ? Dans le doute, on vous aide donc à y voir plus clair.

Et les cartes de contacts chromosomiques, ça vous parle ? Vaste domaine, et qui méritait son article découverte. N'en demander plus, le voici !

Popopo, pas de jaloux ! On parle de chromosomes plus haut, on va donc laisser un peu de place aux gènes. Apprenez à utiliser genometools, un outil qui vous permettra de visualiser les gènes sur des génomes de références.

Vous pouvez aussi apprendre à récupérer vos informations biologiques d'intérêt de manière automatique ! Ça vous tente n'est-ce pas ? C'est par ici.

Enfin, pour faire tout ça, rien de mieux qu'une machine virtuelle ou qu'un bon vieux Docker n'est-ce pas ? Eh bien non, nous on a trouvé encore un autre candidat : il s'agit de LXD, et à ce qu'il parait c'est assez magique. A vous de voir !

Bonne découvertes :)

J'ai lu

R you Rusted in LaTeX ?

Vous l'aurez compris (ou non), nous allons vous parler de R, de Rust et de LaTeX pour ce trimestre !

Commençons par LaTeX. Pour ceux qui n'auraient pas encore osé franchir le pas, de une c'est dommage et de deux voilà le moment de le faire !

On vous propose donc tout d'abord de vous y (re)mettre tranquillement en attaquant par ce doux billet vous prenant par la main afin de produire votre premier document en LaTeX. Vous pouvez y aller, c'est testé et approuvé !

Puis quand vous aurez obtenu votre première étoile, vous pourrez alors découvrir sereinement comment insérer des flottants dans vos documents LaTeX afin d'épater la galerie !

Arrivé(e) à cette étape, normalement votre soif de savoir devrait atteindre son maximum. On se propose heureusement de vous rassasier en découvrant ce que Rust, un langage encore assez jeune, pourrait apporter de bon à votre quotidien.

Et pour les plus gourmands, on vous laisse avec une bouffée d'R (n'applaudissez pas ce genre de jeux de mots, ça m'encourage...). En effet, vous pouvez découvrir ici une application d'utilisation du package dplyr avec un peu de génome humain à l'intérieur !

Vous voilà donc comblé(e) pour ce printemps ! On se dit rendez-vous au printemps pour de nouvelles choses à apprendre !

Exclusivité!

En route pour Jobim 2017 !

Prêts pour la prochaine édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, alias JOBIM ? Cette conférence annuelle, sous l'égide de la Société Française de BioInformatique (SFBI), aura lieu à Lille du lundi 3 juillet à 14h au jeudi 6 juillet 2017 à 12h, grâce aux comités d'organisation et de programme.

Au programme, six conférencier(e)s invités, des présentations et posters couvrant les différents domaines de la Bioinformatique, des rencontres et de la bonne humeur ! 

En avant-première, rien que pour les bioinformations, on vous dévoile les spécificités de cette année : il y aura le choix entre plusieurs "social event", à choisir à l'inscription ; un repas de gala « jeux au jardin » et pour ceux qui étaient au dîner de gala à Lyon l'an dernier, rappelez-vous des cartes postales annonçant l'événement. Il y aura un tirage au sort parmi ces cartes pour gagner un superbe lot  (pensez à être présent dans la salle lors du tirage au sort !)

Juste après JOBIM, le 3ème symposium étudiants BeNeLuxFra / JeBiF Workshop  les Jeudi 6 juillet 14h-18h et Vendredi 7 juillet 9h-17h sera l'occasion pour les étudiants de se retrouver pour un programme spécifique et international avec la Belgique, le Luxembourg et les Pays-Bas.

Justement, place aux jeunes ! JOBIM est l'occasion idéale pour les étudiants et post-doctorants de présenter leur premier poster ou présentation orale, en français ou en anglais au choix, dans une atmosphère bienveillante. Et de gagner un des prix SFBI pour le meilleur poster ou la meilleure présentation orale (réservé aux non-permanents de moins de 35ans).

Envie de venir depuis l'étranger ou Ingénieur permanent en France ? La SFBI offre des bourses de voyage pour présenter ses travaux à JOBIM. L'appel sera lancé très prochainement. 

Les soumissions sont déjà ouvertes, alors à vos agendas pour les dates importantes:

• 15 février : ouverture des soumissions
• 24 mars : date limite des soumissions
• 3 avril : ouverture des inscriptions
• 11 mai : communication des résultats
• 30 mai : version finale des papiers acceptés
• 2 juin : fin des inscriptions

Pour bénéficier du tarif préférentiel à JOBIM, n'attendez pas pour prendre votre adhésion à la SFBI !

À l'affiche...

Ce printemps 2017...

Une fois n'est pas coutume, voici un bilan des évènements à ne pas manquer dans les prochains mois.
  • Du 3 au 5 avril, à Barcelone, en Espagne, NGS 2017. Cette édition de la conférence sera particulièrement tournée vers les variations structurales et la génomique des populations.

  • Du 19 au 21 avril, à Paris, en France, International Conference on Holobionts. Cette conférence internationale sur les holobiontes vise à regrouper les chercheurs s'intéressant aux interactions entre un hôte et la communauté de micro-organismes qu'il héberge, et à leurs impacts écologiques, évolutifs et physiologiques. 

  • Du 21 au 27 avril, à Thessalonique, en Grèce, l'International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering 2017. Le but de cette conférence est de regrouper des ingénieurs et chercheurs travaillant en bioinformatique de différentes disciplines, pour partager des méthodes, idées et pour les conduire à des travux de recherche originaux et de haute qualité.

  • Du 24 au 26 avril, à Lyon, en France, Understanding Protein Interactions: from Molecules to Organisms. Cette conférence conduira à des discussions autour des interactions protéine-protéine, en couvrant les analyses de prédictions physico-chimiques, les complexes binaires, les grands assemblages, l'organisation cellulaires ... 

  • Du 26 au 28 avril, à Grenade, en Espagne, 2017 International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering. Cette conférence vise à regrouper des chercheurs travaillant des des domaines incluant l'intégration des données, l'évolution, les analyses de séquençage haut débit, les interactions protéine-protéine, l'informatique médicale, la recherche translationnelle ...

  • Du 12 au 16 juin, à Porquerolles, en France, Mathematical and Computational Evolutionary Biology Conference. La thématique de cette édition sera "Méthodes de biologie évolutive intégrée: diverses sources de données, différentes échelles d'évolution"

  • Du 19 au 20 juin, à Galway, en Irlande, 1st International Conference on Language, Data and Knowledge. Cette conférence viseà rassembler des chercheurs de toutes les disciplines concernées par l'acquisition et l'utilisation de langage de données.

  • Du 25 au 30 juin, à Kruger Park, en Afrique du Sud, Biomath 2017. Il s'agit d'une rencontre multidisciplinaire pour les chercheurs qui utilisent les outils mathématiques et informatiques pour l'étude de phénomènes dans les grands domaines de la biologie, de l'écologie, de la médecine, de la biotechnologie, de la bioingénierie, des sciences de l'environnement etc.

 
Sans oublier bien sûr du 3 au 6 juillet, à Lille, en France, JOBIM 2017,  le rendez-vous annuel de la communauté bioinformatique francophone !
 
Pour plus d'informations visitez la liste des évènements sur le site de la SFBI !