Bioinformations 15

Aux dernières nouvelles...

Une nouveau bureau à la SFBI

 
Après un mandat bien rempli de 6 ans, Sophie Schbath et Stéphane Téletchéa ont quitté leur poste de présidente et trésorier de la SFBI en juillet dernier, lors de l'AG qui s'est tenue à Jobim à Lyon. Il est donc temps de vous faire une petite présentation du nouveau bureau !
 
Morgane Thomas-Chollier (ENS, Paris) prend la suite à la présidence et Virginie Bernard (Institut Curie) à la vice-présidence. 
Marc Deloger (Gustave Roussy, Villejuif), nouvel entrant dans le bureau, gère la trésorerie. C'est donc avec Marc que vous interagirez pour votre adhésion, ou pour le versement des bourses de voyage pour se rendre à Jobim, bourses doctorants pour assister à des conférences à l'étranger, prix à Jobim.
Valentin Guignon (Bioversity International, Montpellier) poursuit son travail de webmaster avec le gros chantier du nouveau site Web.
Julien Fumey (CNRS, Gif-sur-Yvette) n'est autre que le président des JeBiF. Il est donc le lien privilégié entre les deux associations.
Samuel Mondy (INRA, Dijon), nouvel entrant en 2016, Marie Chabbert (Université d'Angers), Hélène Chiapello (MIAT, INRA, Toulouse) et Pierre Peterlongo (Inria, IRISA, Rennes) complètent le bureau pour assurer la pérennité de Jobim, la liste des laboratoires de recherche en bioinformatique en France, les appels aux bourses, la liste des conférences et événements intéressants pour la communauté…
 
Ils ne sont plus membres du bureau, mais nous épaulent activement: Alain Guénoche pour la compilation des thèses et HDR en bioinformatique, et Sophie Schbath pour la validation des offres d'emploi.
 
Le prochain renouvellement du bureau aura lieu en juillet 2017 lors de Jobim à Lille. Comment voter ? Il suffit d'être adhérent à la SFBI.
 

Présentation

BioInfuse... à renouveler!

La conférence JOBIM2016 a été l’occasion de vous présenter les résultats du concours BioInfuse. BioInfuse, c’est un concours proposé par l’association JeBiF pour la création de vidéos de vulgarisation spécifiquement dédiées à la bioinformatique.

Malgré un court délai entre l’annonce du concours et la date de clôture, nous avons reçu plusieurs vidéos, toutes de très bonne qualité ! Toutes ces vidéos sont disponibles sur le site web de l'association.

Et lors du dernier jour de JOBIM, vous avez pu apprécier celle de l’heureux gagnant Gabriel Markov ! Vous avez ainsi découvert Chondrus crispus, cette petite algue rouge qui est un des objets d’étude à la station de biologie marine de Roscoff, dont les chercheurs étudient le réseau métabolique par analyses bioinformatiques.

Heureux du succès de cette première édition, nous souhaitons poursuivre cette aventure ! Nous vous tiendrons donc informés dans peu de temps des modalités pour l’édition 2017 du concours BioInfuse. Et nous présenterons à nouveau la vidéo sélectionnée par le jury lors du JOBIM à Lille (du 3 au 6 juillet 2017).

Pour rappel, ce concours est l’occasion pour vous de faire découvrir à la communauté et surtout au grand public un projet de recherche ou un sujet qui vous tient à coeur, en lien avec la bioinformatique. Et la vidéo est le support idéal pour, en quelques minutes, fournir les informations essentielles que vous souhaitez que l’on retienne. Alors, faites ressortir vos talents de réalisateur et de monteur vidéos, et soyez prêts pour partager avec nous vos productions !

Formations/emplois

Fête de la science 2016

Cette année lors de la fête de la science, vous avez sûrement croisé certains membres de l’association JeBiF au niveau des stands ! En effet, avec l’objectif de promouvoir l’accès à la bioinformatique pour tous, nous avons mis en place différents ateliers pratiques, qui ont été présentés au cours des journées de cette fête de la science.

 
Nous étions ainsi présents les 7 et 8 octobre à l’École Polytechnique, du 14 au 16 octobre à Île de Science sur le plateau de Saclay, et à la Cité des Sciences les 8 et 9 octobre. Petite revue des ateliers que nous avons présenté :
 
Atelier assemblage de génome : à la découverte des principes du séquençage et de l’assemblage de séquences ! Nous avons proposé de comprendre, par le séquençage, pourquoi deux membres de la même espèce (des marsupilamis!) n’ont pas la même couleur de pelage.
 
Atelier Sphéro: comment les bioinformaticiens parlent-ils et donnent-ils des ordres à leur ordinateur ? Par l’association d’instructions de bases avec différents paramètres, nous avons montré comment faire adopter un comportement complexe à un petit robot.
 
Atelier taille de génome: Comment classer les organismes ? Est-ce que les organismes les plus complexes sont ceux qui ont le plus grand génome ? Cet atelier est l’occasion de se pencher sur “le paradoxe de la valeur C”, concernant la taillle des génomes et l’absence de relation significative avec la complexité des organismes.
 
Atelier Évolution et développement des Pokémons : Quand on clique sur le bouton « évoluer » sur Pokémon Go, qu’est-on réellement en train de faire ? Faisons-nous « évoluer » un Pokémon ou s’agit-il d’un autre phénomène biologique ? Qu’est-ce que l’évolution en fait ? Et le développement post-embryonnaire ? Qu’est-ce qu’un arbre phylogénétique ? Venez découvrir les réponses à ces questions avec des Pokémons.
 
Les documents concernant ces ateliers sont ou seront bientôt disponibles!
 
Fort du succès rencontré, l’association JeBiF espère renouveler l’expérience l’année prochaine ! Vous avez des idées d’ateliers ? Vous êtes intéressés par l’animation d’un atelier ? N’hésitez pas à nous contacter !

J'ai lu

R, GUI, Python, Reproductibilité : c'est par ici m'sieurs-dames !

Qui dit automne dit feuilles, qui dit feuilles, dit bouquin. Oui...bon, il fallait bien une accroche !

En effet, si vous vous êtes déjà frotté à R c'est "The R inferno" de Patrick Burns (rien à voir avec les Simpsons) qui sera sûrement sur votre commode dans pas longtemps. Vous ne nous croyez pas ? Allez donc jeter un coup d'oeil à cette petite retranscription, nous sommes sûrs que vous allez craquer :)

Pour ceux qui ont la chance de ne pas connaitre n'ont jamais utilisé R, ne vous inquiétez pas ! On ne vous a pas oubliés ! Avez-vous déjà rêvé de transformer vos scripts Python en programmes accessibles par vos collègues biologistes ? Alors ne rêvez plus, c'est désormais possible et en rajoutant seulement 4 lignes de code ! Comment ? Tout est dit dans l'article !

Python, R... peu importe ! C'est bien joli d'implémenter des tas de choses utiles à nos expérimentations, mais quid de la reproductibilité ? On aimerait tellement pouvoir reproduire une expérience d'il y a 2 ans mais qui n'a malheureusement pas été assez bien documentée pour ça. Mettons nous donc d'accord, on crache par terre et on se jure qu'on ne nous y reprendra plus ! Et comme on est super sympa on vous donne tous les tuyaux pour y parvenir ! C'est ici, ça se lit, se relit et se partage en masse !

Très bonne saison d'automne à tous et à cet hiver pour les lectures réchauffantes !
 

Exclusivité!

Les dessous de la liste bioinfo et la nouvelle liste emplois@sfbi.fr

La liste de diffusion bioinfo, de son vrai nom "bioinfo@sfbi.fr", lien virtuel de la communauté Bioinformatique française… avec plus de 5500 abonnés ! Cette liste, mise en place en 1992 par Laurent Mouchard (si vous voulez connaître la petite histoire, jetez un oeil à la retranscription de sa TOBi), permet de recevoir par mél les informations qui touchent notre communauté comme les offres d'emploi ou de stage, les écoles thématiques, les conférences, les thèses et HDR...

Comment recevoir les méls de la liste bioinfo ?
=> en s'abonnant à la liste (1er formulaire)

Comment voir les méls déjà diffusés sur la liste bioinfo ?
=> les archives sont accessibles publiquement 

Comment envoyer un mél sur la liste bioinfo (pour diffuser une information autre qu'une offre d'emploi ou de stage) ?
1) s'abonner à la liste (si ce n'est déjà fait)
2) une fois votre abonnement valide, vous pouvez envoyer un mél à bioinfo@sfbi.fr
3) les GMs (Gentils Modérateurs) de la liste, Alexandra Louis, Jean-Christophe Aude et Laurent Mouchard, valident votre mél ne contenant ni document attaché ni HTML, sous la forme exacte sous laquelle vous l'avez envoyé.
4) le mél est reçu par les 5500 abonnés

Fin 2014, l'augmentation du nombre d'offres d'emploi a suscité la mise en place d'un système standardisé pour faciliter la lecture et la recherche pour les abonnés.  Les en-têtes des emails sont formatées de manière à facilement créer un filtre dans votre lecteur de mails, pour ne voir que les offres qui vous intéressent. C'est pourquoi toutes les offres d'emploi ou de stage doivent être soumises via un formulaire sur le site de la SFBI, et sont automatiquement envoyées sur la liste bioinfo. Autres avantages : toutes les offres en cours de validité restent consultables sur la page emploi du site de la SFBI, ce qui permet de faire des statistiques sur l'emploi.

Ces dernières semaines, nous assistons à un nouvel essor de l'emploi en bioinformatique, positif pour notre communauté ! Cela engendre une augmentation des méls reçus sur la liste, ce qui n'est pas au goût de tout le monde… Une nouvelle liste voit le jour : emplois@sfbi.fr. Dans un premier temps tous les abonnés à la liste bioinfo vont être abonnés à cette liste. Les personnes souhaitant se désinscrire des offres d'emplois pourront alors le faire, et ne garder que les autres informations passées sur bioinfo@sfbi.fr (séminaires etc).

Comment recevoir les méls de la liste emplois@sfbi.fr ?
=> si vous étiez déjà abonnés à la liste bioinfo, rien à faire, vous êtes déjà abonnés à la liste "emplois"
=> sinon s'abonner à la liste (2e formulaire) 


Comment publier une offre d'emploi (de stage, thèse, CDI...) sur emplois@sfbi.fr ?
1. Ouvrir un compte sur le site web de la sfbi, (si vous n'en avez pas).
2. Les GV (Gentils Validateurs) Virginie Bernard et Sophie Schbath valident votre compte comme n'étant pas du spam (car il y en a beaucoup ! ).
3. Vous connecter avec vos identifiants.
4. Remplir le formulaire accessible à partir du "Menu Membre >Créer un contenu > Emploi".
5. Cliquer sur  "enregistrer"
6. Les GMs (Gentils Modérateurs) Virginie Bernard, Alexandra Louis  et Sophie Schbath valident et reformattent si besoin votre offre. 
7. Votre offre est accessible sur le site de la SFBI et est diffusée par mél sur la liste emplois@sfbi.fr.

Comme vous l'aurez compris, c'est grâce à l'implication quotidienne et bénévole de 6 personnes que ce lien virtuel fonctionne. Comme vous, ils sont bien occupés par d'autres aspects de leur (vrai) travail. Il n'est donc pas illogique de devoir patienter un peu pour l'ouverture de votre compte ou la validation de votre d'emploi.

Et si vous souhaitez vous désabonner, c'est par ici (liste bioinfo) et ici (liste emploi) !

À l'affiche...

Cet automne 2016!

Si vous pensiez ne pas avoir de raison de sortir vos gants et votre bonnet, voici quelques conférences qui pourraient vous donner quelques pistes, en France ou à l'étranger

En France tout d'abord :

  • Du 7 au 8 novembre, le workshop colib'readBiological insights from raw high-throughput sequencing data, à l'institut Curie. L'occasion de tout découvrir sur les outils kissplice, discoSnpet  Lordec!
  • Du 17 au 18 novembre, le LyonSysBio, à Lyon donc, vous permettra d'échanger autour de la biologie des systèmes. Ce colloque est ouvert à l'interdisciplinarité et aux échanges.
  • Du 17 au 18 novembre, un workshop pluridisciplinaire SeqBio 2016 se déroulera à Nantes. Si l'analyse des textes et la biologie des séquences vous intéresse, vous y trouverez votre bonheur.
  • Du 23 au 24 novembre, les journées SUCCES (rencontres Scientifiques des Utilisateurs de Calcul intensif, de Cloud Et de Stockage) se dérouleront à Paris. Elles sont dédiées aux utilisateurs des mésocentres et des infrastructures de grilles ou de cloud. Inscriptions closes le 11 novembre ne tardez pas !
  • Du 29 novembre au 2 décembre, From basic science to biomarkers & tools in Global Health se tiendra à Paris. Ce colloque est ouvert à tout chercheur impliqué dans des thématiques liées aux biomarqueurs et ses applications. 

Mais vous pouvez aussi tester votre doudoune à l'étranger, comme par exemple :

Par quelle destination vous laisserez vous tenter? A suivre... En attendant ne loupez pas les dernières annonces de conférences !

5 questions à…

Quand Laurent Mouchard nous conte la bioinfo

C'est un entretien riche en couleurs que nous vous conseillons de découvrir. En effet, Laurent Mouchard a été l'invité du TOBi de mai dernier, et pour celles et ceux qui ne le connaissent pas encore et qui n'auraient pas eu la chance d'y assister cela aurait été un crime de ne pas le retranscrire.

Laurent s'y dévoile et nous en apprend de bonnes sur les débuts de la bioinformatique aussi bien française qu'internationale.

Et puis, Laurent c'est aussi à lui que l'on doit la mailing liste de la SFBI !

Allez, nous vous laissons découvrir tout ça : c'est ici et c'est pour vous !

Bonne lecture !