Bioinformations 14

Aux dernières nouvelles...

Lors de la Fête de la Science 2016, vulgarisons !

L'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (RSG France - JeBiF) est très attachée à faire connaître la bioinformatique au plus grand nombre.

Lors du numéro précédent des Bioinformations nous vous parlions de BioInfuse, un concours de création de courtes vidéos afin de vulgariser notre discipline. En attendant les résultats, qui seront dévoilés lors de JOBIM 2016, nous avons réfléchi à de nouveaux projets de vulgarisation à l'occasion de la Fête de la Science 2016.

Nous allons mettre en place une liste des ateliers, présentations, etc. autour de la bioinformatique qui auront lieu à l'occasion de cette Fête de la Science. Afin que cette liste puisse être la plus exhaustive possible, contactez nous si vous organisez un atelier (en nous précisant le lieu, la date, le public cible, et éventuellement un résumé).

L'association ne sera pas en reste et sera présente les 7 et 8 octobre à l'École Polytechnique (Palaiseau) et du 14 au 16 octobre à île de Science sur le plateau de Saclay pour présenter des ateliers autour de la bioinformatique. Ainsi, nous sommes à la recherche de volontaires pour nous aider à préparer et à présenter ces ateliers. Intéressé·e ? Contactez-nous !

 

Présentation

Le site Web de l’IFB et ses nouveaux services pour ses visiteurs

Le site Web  est notre principal canal de communication à l’IFB. Nous l’utilisons en interne entre IFB-core et ses 36 plateformes partenaires, mais aussi en externe. Les bioinformaticiens, les chercheurs en sciences de la vie, les partenaires actuels et futurs peuvent aussi y trouver des informations pertinentes.

Depuis février 2016, nous mettons en place de nouveaux outils permettant aux plateformes de partager et de diffuser plus facilement et plus largement leurs activités au sein de la communauté des sciences du vivant en France et en Europe.

 

Section "Formation à venir" : Cette nouvelle section permet à nos plateformes IFB d'héberger les pages de formations, de diffuser les informations sur la liste de la SFBI (*1) et de gérer les inscriptions. Le public peut s’inscrire à la formation choisie, et consulter d’autres évènements parrainés par l’IFB (hackathons, webinars etc..). Citons par exemple l’école de bioinformatique AVIESAN , Galaxy4Bioinformatics à Lyon et la Summer School in Metagenomics à Paris.

 

Section "Support des formations" : par son appartenance au projet européen Elixir (*2), l'IFB s'est engagé dans une procédure visant à référencer le matériel numérique des formations en bioinformatique. Les membres des plateformes IFB peuvent dorénavant téléverser leurs supports de formation ou fournir un lien vers un contenu existant. Les supports des cours doivent être en anglais. Les objectifs sont de permettre :

  1. à Elixir de lier les outils de la bioinformatique française avec d’autres pays européens via la plateforme TeSS ;
  2. à l’IFB d’avoir une vue panoramique des formations proposées par ses plateformes;
  3. à la communauté de façon générale d’accéder, sur un même site, à un catalogue des supports des formations en bioinformatique variés et très pertinents.

 

Outils pour la Visualisation de la Nomenclature EDAM.

Comme le nombre et la diversité des outils en bioinformatique augmente considérablement, il est devenu nécessaire d’établir un vocabulaire contrôlé pour aider les utilisateurs à rechercher, comparer, sélectionner et intégrer les objets entre eux.

Toujours dans le cadre d’Elixir, nous participons au développement d'une nomenclature entièrement dédiée à la bioinformatique, nommée EDAM (3* et 4*). Typiquement, dans la construction des « workflows », il est important que les outils soient toujours décrits à travers à un certain nombre de catégories. A l'heure actuelle, EDAM se construit autour de quatre grands concepts autour des outils bioinformatiques :

  1. Le domaine d'application (la structure des protéines, la génomique ou la métagénomique),

  2. les types des données (notablement séquences, arbres phylogénétiques, accession à Uniprot),

  3. l'opération entre les données d'entrée et de sortie (par exemple l'adhésion, la fonction enregistrement, la construction d'alignements ou docking) et

  4. les formats disponibles des données (comme BAM, FASTQ ou PDB).

  

Dans le site IFB, le portail rainbio  fournit une interface graphique pour interroger EDAM. C’est une approche intuitive, qui permet d’illustrer les relations entre les différents termes d'une ontologie assez complexe. Ce portail est là aussi pour aider à “tagger” les outils, les bases de données, les domaines de compétences, etc.. de nos plateformes.

 

Perspectives

Nous sommes en train d’ouvrir de nouveaux services ; nous disposerons bientôt d’une nouvelle plateforme d'enseignement électronique à distance (e-Learning) spécialisée dans les problématiques de bioinformatique et toujours dédiée à la communauté française. Nous travaillons actuellement aussi à un projet de journal pour la reproductibilité des analyses en bioinformatique. Dans ce journal, vous pourrez diffuser vos recherches avec le code étant exécuté en ligne.

Par conséquent, n'hésitez surtout pas à venir nous rendre visite sur www.france-bioinformatique.fr et nous suivre sur twitter @IFB_bioinfo.

 

Références

 

(*1) Liste de Diffusion Bioinfo http://listes.sfbi.fr/wws/info/bioinfo

(*2) ELIXIR https://www.elixir-europe.org/

(*3) EDAM, Ison J, Kalas M, Jonassen I, Bolser D, Uludag M, McWilliam H, et al. EDAM: an ontology of bioinformatics operations, types of data and identifiers, topics and formats. Bioinformatics. 2013;29: 1325–1332.

(*4) EDAM / Elixir registry : https://bio.tools/

 

 

Dominique Batista et Victoria Dominguez del Angel

Formations/emplois

La liste SFBI passée au crible et les dev' jam pour les nuls

La mailing liste de la SFBI n'est plus à présenter et pourrait même aisément remplacer Pôle Emploi pour les bioinformaticien(ne)s.

Mais ne vous êtes-vous jamais demandé ce que donnerait l'analyse de toutes ces données durant ces dernières années sur l'emploi dans notre discipline adorée ?

Ne vous posez plus la question, deux courageux (Ludovic Roy et Nils Giordano) ont pris le taureau par les cornes (ou plutôt le python par la queue). Ils ont ouvert un dépôt github avec tout ce qu'il faut et qui va bien pour analyser ce joli lot de données. Le projet est open-source et tout le monde peut apporter sa touche.

Ils auraient pu s'arrêter là...Ils auraient pu :) Mais afin d'aller au bout des choses ils ont décidé d'écrire deux articles sur bioinfo-fr.net pour présenter les résultats obtenus grâce à leur travail.

Le premier article traite de ces 4 ans de données de façon général. On y découvre le nombre de postes total sur cette période. Puis ils se sont amusés à les décomposer et à les analyser joyeusement. Si vous ne l'avez pas encore lu, ne perdez plus une seconde !

Le second article est une analyse chronologique. Les 4 années de données sont disjointes, inspectées et passées au crible pour une étude appronfondie. Alors, selon vous est-ce que l'analyse est plutôt encourageante au niveau de l'emploi en bioinformatique ? A vous de le découvrir !

Enfin, dans un tout autre registre, nous avons découvert un dev' jam vécu de l'intérieur par une équipe de bioinformaticiens. Ce mot ne vous dit rien ou vous n'avez encore jamais oser franchir le pas ? Il ne tient qu'à vous de découvrir cette expérience et de vous lancer dès le prochain événement près de chez vous !

J'ai lu

Lectures sur la plage

L'été arrive à grands pas et nous ne pouvions pas vous laisser partir comme ça. Le printemps a été riche en découvertes donc accrochez vous bien, c'est parti !

  • Qui n'a jamais essayé de "parser" tout seul comme un grand un tableur que son biologiste préféré lui a passer pour en extraire quelques données d'intérêt ? On vous explique ici tout ce qu'il ne faut surtout pas faire;
  • Les réseaux métaboliques c'est votre passion ? Ou encore mieux : vous n'y connaissez rien ! Dans les deux cas on vous conseille chaudement la lecture de cet article. On va même aller jusqu'à vous dire un secret : c'est le premier d'une looongue série :) ;
  • Bon et si on revenait à votre collègue biologiste ? Oui, celui qui vous demande toujours comment vous vous y prenez pour extraire des données des grandes bases de données publiques ! Comme on est sympa, on vous fournit un billet que vous pourrez lui faire suivre afin qu'il essaye ça tout seul comme un grand;
  • Du coup ça vous donne un peu de temps pour vous. On commence à bien se connaitre vous et nous et on est certains qu'une petite explication sympa des champs de forces et autres joyeusetés en modélisation moléculaire ça vous tenterait. Allez, c'est pour nous et c'est par là;
  • Et entre deux baignades et deux barbecues vous aurez sans doute un peu de temps pour de l'introduction. Qu'est ce que c'est ? Un moyen rapide et efficace pour s'initier à un nouveau sujet ! Allez, on essaye en douceur avec le concept d'analyse des SNPs et puis avec l'explication en détail de la structure secondaire des ARN : trois, deux, un, lisez !
  • Enfin pour les plus courageux qui seraient encore là : nous vous invitons à découvrir quelques généralités autour du concept de machine learning à partir d'automate. Tout un programme !

Il ne nous reste plus qu'à vous souhaiter un bon été et de bonnes vacances pour les plus chanceux ! Avec tout cela, on ne se fait pas de soucis : elles ne pourront qu'être studieuses :)

À l'affiche...

Cet été 2016 !

Comme à notre habitude voici une sélection des évènements à ne pas manquer dans les mois à venir:

Quelques colloques qui vous donneront l'occasion de voyager

  • Du 11 au 15 juillet à Nottingham : 10th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology. Cette édition sera jointe avec le congrès annuel de la société européenne de Mathématique et Biologie Théorique et celui de la Société de Biologie Mathématique.
  • Du 22 au 24 août à Aarhus : 16th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2016  pour les intimes)
  • Du 29 au 31 août à Prague : la célèbre Prague Stringology Conference qui fête sa 20ème édition et qui rassemble la communauté travaillant sur les séquences de caractères.
  • Du 3 au 7 septembre à La Haye : 15th European Conference on Computational Biology (ECCB) avec son lot de workshops dont certains sont organisés par nos collègues français comme BioNetVisA from biological network reconstruction to data visualization and analysis in molecular biology and medecine le 4 septembre, ou Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM'16) le 4 septembre.

Sans oublier quelques événements en France 

Et si vous n'avez pas trouvé votre bonheur, retrouvez toutes les formations et colloques sur le site de la SFBI !

Exclusivité!

REBIF : Rencontre autour de l'Enseignement de la Bioinformatique en France

Les formations diplômantes en Bioinformatique (IUT, Licences, Masters) sont à l'heure actuelle assez cloisonnées, alors qu'elles rencontrent les mêmes difficultés liées, entre autre, à l'interdisciplinarité inhérente à ce domaine. Pour les futurs étudiants, le paysage des formations reste assez flou, et il n'est pas évident de s'orienter vers la formation la plus adaptée à leurs profils. Lors de l’assemblée générale de la Société Française de Bioinformatique (SFBI) qui avait lieu à JOBIM 2015, il a été émis l’idée de réunir les acteurs de la formation en Bioinformatique au niveau national, afin de leur permettre d'échanger. En parallèle, l'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF) a mis à jour la liste des formations en Bioinformatique. Cette liste a servi de point de départ pour organiser une première réunion inter-formations.

La première Rencontre autour de l'Enseignement de la Bioinformatique en France (REBIF) a eu lieu les 30-31 mai dernier, à Marne-La-Vallée, grâce au soutien de la SFBI, de l'IFB et de la faculté des Sciences de Montpellier. Qui était présent autours de la table ? 31 participants représentant 1 DUT, 5 licences, 17 masters, 4 écoles d'ingénieur et le CNAM. Le fascicule contient la liste des formations représentées et une fiche détaillant chaque formation, bien utile pour les étudiants souhaitant s'orienter ! 

Outre une cartographie à jour et détaillée des formations, REBIF a permis d'échanger sur les pratiques pédagogiques, les mentions/parcours des masters ainsi que la visibilité de la Bioinformatique dans le catalogue de formation proposé par les universités. Les projets d'enseignements novateurs (Montpellier Omics Days, Hackathon, Annotathon, Journées d’enseignement délocalisées, envoi d'étudiants M1/M2 à Jobim, ...) ont aussi été présentés, avec l'idée de proposer certains projets en commun sur plusieurs Masters. Enfin, le devenir des étudiants en regard du paysage de l'emploi de la bioinformatique en France (merci à bioinfo-fr pour leur article qui a servi de support à la discussion !), ainsi que la représentation de la Bioinformatique dans les écoles doctorales a été discuté.

Un poster sera présenté à Jobim 2016, étudiants, enseignants n'hésitez pas à venir vous renseigner !

5 questions à…

Deux entretiens pour le prix d'un !

A l'occasion des TOBi récemment mis en place par les JeBiFs, il a été proposé de faire un compte rendu de chacun des entretiens sur bioinfo-fr.net pour ceux qui n'habiteraient pas Paris ou qui n'auraient pas pu se libérer pour se rendre au rendez-vous.

Les premiers rendez-vous ont été un vrai succès et peuvent vous permettre de vous faire un petit réseau en un rien de temps.

Nous pouvons d'ores et déjà vous conseiller de foncer sur la retranscription de l'interview de Sophie Schbath que nous n'avons plus à vous présenter. On y découvre parmi tant d'autres choses son parcours, ses implications et sa vision de la bioinformatique. Un "must read" donc !

Difficile de passer après Sophie. Et pourtant Gabriel Chandesris a relevé le défi haut la main ! Il travaille actuellement pour Dassault Systèmes et son parcours professionnel très intéressant lui donne une vision globale assez intéressante à découvrir. Pas un mot de plus, si ça vous dit c'est par ici qu'il faut aller découvrir son entretien avec Gwenaëlle.

Si vous êtes sur Paris ou de passage pour une courte période et que l'aventure vous intéresse, nous vous encourageons chaudement à contacter les JeBiF pour partager votre expérience avec la communauté.