Bioinformations 11

Aux dernières nouvelles...

JOBIM 2015, JOBIM 2016... du tout nouveau tout beau suite!

Nous vous l'avions annoncé, la conférence JOBIM à Clermont-Ferrand vous a proposé plusieurs nouveautés mis en place par la SFBI !! Petit bilan...

* C'est un sujet d'actualité, nous souhaitons aider nos chers (post)doctorants travaillant à l'étranger à revenir en France. Quoi de mieux que de venir à JOBIM pour agrandir son réseau et s'ouvrir des pistes pour un retour « à la maison » !?! Pour aider les (post)doctorants, la SFBI a attribué une bourse de voyage. Bravo à Ludovic Mallet parti en Allemagne pour l'obtention de cette première édition de la bourse !

Ce n'est pas tout, un prix de la meilleure présentation orale à été remise à Isaure Chauvot de Beauchêne pour son travail sur les méthodes de docking protéine-ARN et protéine-ADN à l'Université Technique de Munich. Toutes nos félicitations Isaure pour ta présentation. Vous l'avez loupée et souhaiteriez avoir plus d'information sur son travail ? Nous avons la solution : tout est ici.

Enfin, Gaëtan Benoît et Charlie Pauvert ont remporté le prix du meilleur poster. Leur parcours et le résumé de leur travail se trouve  ! Bravo Gaëtan et Charlie !

Et nous tenons à remercier le jury qui nous a permis de sélectionner ces travaux d'intérêt.

* Au regard des retours positifs que nous avons reçus lors de l'AG de la SFBI, nous comptons renouveler ces actions, et ouvrir les bourses de voyages à d'autres conférences. Longue vie aux prix et aux bourses SFBI !

 

Nous en profitons pour vous annoncer que la prochaine conférence JOBIM aura lieu du 28 au 30 juin 2016 à l'ENS de Lyon. A vos agendas !  

Formations/emplois

Un été 2015 riche en formations

Nous vous proposons de découvrir le master de bioinformatique de Rennes raconté par un ancien étudiant breton. Les professeurs responsables de cette très bonne formation y vont de leurs petits mots également, mais on ne vous en dit pas plus : bonne découverte !

Parfois, même souvent, ce qu'il nous a tous manqué dans nos formations respectives (et qu'on a donc du apprendre sur le tas) c'est la gestion de versions de nos codes produits. Aujourdhui, nous ne pouvons plus nous prétendre "professionnels" si on ne versionne plus notre code. Malgré cela, tout n'est parfois pas aussi claire que de l'eau de source. C'est pourquoi nous vous proposons de vous y mettre (ou de vous consolider) pendant l'été. Avec l'aide tout d'abord de cette mise en bouche autour de git. Puis ensuite pour ceux voulant vraiment devenir intimes avec l'outil, des use-cases plus complets et plus poussés sous forme d'exemples appliqués à nos besoins du quotidien.

Enfin pour ceux qui vont en profiter pour voyager à travers le monde, nous vous proposons d'apprendre à manipuler les cartes géographique avec R. Ce qui pourrait être une excellente alternative à la traditionnelle séance de projection des photos des vacances à la rentrée, non ? :-)

À l'affiche...

Cet automne 2015 …

Après un été sous le signe des congés, nous vous proposons une rentrée sous le signe des congrès !

En France, beaucoup de journées en septembre, de quoi trouver votre bonheur !

- Le premier colloque du GDR « Biologie de Synthèse et des Systèmes » se tiendra du 7 au 10 septembre à Paris.

- Du 7 au 11 septembre, une école d'été « Software and Statistical Methods for Population Genetics » se déroulera à Aussois.

- Le 8 septembre, à Saint Malo, vous pourrez assister au 6ème « international Workshop on Static Analysis and System Biology ».

- Marseille accueillera du 15 au 18 septembre, le 19ème « Evolutionary Biology Meeting ».

- Du 16 au 18 septembre, à Nantes, vous pourrez participer à la 13ème « International Conference on Computational Methods in System Biology »

- Le 18 septembre, toujours à Nantes, aura lieu le 1er « International Workshop on Logical Modeling of Biological Systems ».

- Paris accueillera le 28 septembre un « workshop on Algorithmics Issues for Inference in Graphicals Models »

- Intéressés par la métagénomique / métatranscriptomique ? Rendez-vous à Paris le 6 octobre pour la journée « Recent computational advances in metagenomics ».

A l'étranger :

- Si vous aimez les neurosciences, un séjour à turin en Italie du 7 au 9 septembre pour les journées « Nonlinear Dynamics in Computational Neurosciences : from Physics and Biology to ICT » va certainement vous motiver.

- Rendez vous à Seville en Espagne du 9 au 11 septembre pour le 5ème workshop « BioCreativeChallenges » où il sera question de text mining et d'extraction d'informations.

- La 13ème édition de « RECOMB Satellite Conference on Comparative Genomics » aura lieu à Frankfurt en Allemagne du 4 au 7 octobre.

De quoi bien remplir vos agendas de rentrée ! Et vous en trouverez bien plus dans la rubrique colloque sur le site de la SFBI !

J'ai lu

Sable, eau salée, serviette et lecture bioinfo

La lecture à la plage c'est un peu comme la chantilly sur la boule de glace ! Nous ne pouvions pas vous laisser partir à la mer sans lecture digne de cet été !

Nos meilleures critiques vous proposent de vous dégourdir l'esprit avec ce petit tutoriel autour d'Inkscape. Ce très bon outil pourrait alors très vite devenir votre meilleur ami pour la création de votre prochain poster ou de vos prochaines figures d'articles scientifiques !

Une fois vos neurones réchauffés, nous vous conseillons d'aller jeter un oeil (mais pas trop loin) à ce billet didacticiel s'articulant autour du module Python de GraphViz. Des graphes comme s'il en pleuvaient, et jolis en plus ! Les graphes et Python n'auront donc plus de secret pour vous à la fin de l'été !

Si la sécurité de vos données est une de vos préoccupations, nous vous invitons à aller découvrir de toute urgence : "Vers une meilleure encryption des données génétiques". Vous risqueriez d'être surpris et surtout très intéressés. A l'heure où le séquençage s'invite à peu près partout, il serait en effet bon de commencer à se poser les bonnes questions quant à la sécurisation de ce type de données.

De plus, si vous avez suivi les derniers #JOBIM2015, vous aurez compris que Twitter est maintenant fortement implanté dans la communauté scientifique et qu'il permet à n'importe qui de suivre en direct live n'importe quelle conférence. Si l'outil vous intéresse mais que vous ne vous y êtes pas encore mis, vous découvrirez dans ce très bon billet tout ce qu'il faut savoir pour utiliser Twitter comme une arme de communication massive !

Et enfin, quoi de mieux pour conclure qu'une petite bière bien fraiche (avec modération bien sûr) ? Vous êtes bioinformaticien et amateur de bières ? Foncez découvrir le merveilleux projet BeerDecoded qui est récemment né dans un FabLab suisse romand. Bienvenue à BEERTACA ! :-)

Exclusivité!

JeBiF @ JOBIM 2015, JeBiF plage et concours de logo

Retour sur le workshop JeBiF @ JOBIM2015

JOBIM 2015 Clermont Ferrand vient de se finir. L’association des Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF – RSG France) y a tenu son workshop annuel intitulé, cette année, “les lieux de la bioinformatique”. Le 5 juillet, le workshop a été l’occasion de parler avec les jeunes bioinformaticiens de l’emploi en bioinformatique dans le secteur public et privé, en France et à l’étranger. Le 6 juillet nous avons discuté de la place de la bioinformatique dans le domaine médical. Enfin nous avons rappelé l’importance du réseau professionnel et vu comment le construire et l’entretenir, notamment lors des conférences. Les conseils délivrés ont pu immédiatement être mis en application lors de JOBIM qui commençait l’après-midi du 6 juillet.

Le workshop a réuni 65 participants dont un grand nombre d’étudiants de l’IUT de bioinformatique d’Aurillac et de master de l’Université Blaise Pascal de Clermont-Ferrand. Les premiers retours de ces étudiants nous a démontré, encore une fois, l’importance de ce genre d’évènements. C’est pourquoi nous souhaitons réaliser un plus grand nombre de tables rondes dans les formations de bioinformatique dans toute la France mais aussi de mieux connaître les formations existantes en France. Nous allons donc, en collaboration avec la SFBI et avec Bioinfo-fr.net faire un recensement de l’ensemble des formations.

Les participants ont pu poser leurs questions à 9 intervenants issues d’entreprises et de laboratoires de bioinformatique dans des domaines variées. Les intervenants ont eu la possibilité de présenter leur entreprise auprès des participants. Ces présentations d’entreprises ont rencontré un grand succès. Nous sommes convaincus de la pertinence de multiplier ce genre de présentations dans les formations de bioinformatique pour que les étudiants connaissent mieux les débouchés de leur formation. JeBiF y travaillera avec les responsables des-dites formations.

En attendant, nous vous donnons rendez-vous l’année prochaine à Lyon pour une nouvelle édition de JOBIM !


JeBiF Plage et concours de logo de la SFBI

La saison des JeBiF Pub s’est terminée. Mais ne vous inquiétez pas, nous serons de retour en septembre avec encore plus de JeBiF Pub dans encore plus de villes. En attendant, pour les parisiens, rendez-vous le 20 août au Parc Montsouris pour un pique-nique bioinfo. Pensez à vous inscrire
Vous pouvez également profiter des derniers jours de l'été pour prendre part au concours de logo que la SFBI lance pour son 10ème anniversaire !